herokuにおけるWebアプリのディレクトリ

こんにちは。PHP5.6.10とMYSQLを使ったWebアプリケーションを開発しています。ローカル環境からherokuへアップロードした際に上のレイアウトが下になってしまいました。
原因としてはヘッダーやフッターのパスが正しく指定できていないためと推測していますが、その場合heroku上ではどのように指定すればよろしいでしょうか？
補足情報としてはbootstrapを使用しています。

<!doctype html>
<?php
include($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/internbox/header.php');
?>
<html lang="ja">
<head>
<meta charset="utf-8">
<title>インターンボックス</title>
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
<meta name="copyright" content="Template Party">
<meta name="description" content="仕事を経験してから働きたい個人と働く姿を見てから採用したい企業のマッチングサービス">
<meta name="keywords" content="キーワード１,キーワード２,キーワード３,キーワード４,キーワード５">
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
<!-- BootstrapのCSS読み込み -->
<link href="http://localhost:8888/internbox/css/bootstrap.min.css" rel="stylesheet">
<!-- カスタマイズ用CSS -->
<link href="http://localhost:8888/internbox/css/mycss.css" rel="stylesheet">
<!-- jQuery読み込み -->
<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.11.3/jquery.min.js"></script>
<!-- BootstrapのJS読み込み -->
<script src="http://localhost:8888/internbox/js/bootstrap.min.js"></script>
<script src="http://html5shiv.googlecode.com/svn/trunk/html5.js"></script>
<script type="text/javascript" src="js/openclose.js"></script>
  </head>