CircleCIで一部のディレクトリだけ最新のコードが反映されない

前提・実現したいこと

GitHubにpushした際に、masterブランチ以外のブランチだった場合はtestのworkflowが動くようになっています。
masterブランチにプルリクをマージした際にデプロイのworkflowが動くようになっています。

ファイル構成

.
├── .git
├── .circleci
│ └── config.yml
├── laravel
│ └──app　など
├── infrastructure
│ └──docker関連のファイル
└── README.md

だいぶ省略しているのと、ここに書いていないディレクトリもありますがこのようになっています。

ネットで検索してもこのような事例がみつからなかったので、なぜこのようなことになったのかという原因と改善方法をご教授いただければと思います。

発生している問題・エラーメッセージ

様子がおかしいと思ってSSHでデプロイのworkflowの中に入るとlaravelのディレクトリだけmasterブランチのコードが反映されていない。
同じタイミングで作成したREADME.mdはちゃんと存在しているのにlaravel/public/css/style.cssなど、
追加で書いたコードが反映されていない状態のようです。（config.ymlもちゃんと最新の状態でした。）
GitHubのmasterブランチには確かに最新のコードが存在しているのになぜかCircleCI内のlaravelディレクトリのコードだけ古いのと、
test用のworkflow内では最新のlaravelのコードになっているのが気になります。

###試したこと

・GitHubとの連携を解除すればうまくいくかと思い、GitHubのSettings->WebhoocksからCirceCiを削除してpushしてCircleCiが動かないのを確認してからして、再度連携させてからマージしてみたのですが状況は変わりませんでした。