前提・実現したいこと
Python初心者です。
AlexNetで3次元データを画像分類したいのですが、RuntimeErrorになってしまいます。
間違っている箇所あればご指摘していただけると幸いです。
発生している問題・エラーメッセージ
$ python Alexnet.py
Traceback (most recent call last):
File "test.py", line 127, in <module>
outputs = net(images)
File "/home/selen/.pyenv/versions/3.7.3/lib/python3.7/site-packages/torch/nn/modules/module.py", line 493, in __call__
result = self.forward(*input, **kwargs)
File "test.py", line 100, in forward
x = self.features(x)
File "/home/selen/.pyenv/versions/3.7.3/lib/python3.7/site-packages/torch/nn/modules/module.py", line 493, in __call__
result = self.forward(*input, **kwargs)
File "/home/selen/.pyenv/versions/3.7.3/lib/python3.7/site-packages/torch/nn/modules/container.py", line 92, in forward
input = module(input)
File "/home/selen/.pyenv/versions/3.7.3/lib/python3.7/site-packages/torch/nn/modules/module.py", line 493, in __call__
result = self.forward(*input, **kwargs)
File "/home/selen/.pyenv/versions/3.7.3/lib/python3.7/site-packages/torch/nn/modules/conv.py", line 476, in forward
self.padding, self.dilation, self.groups)
RuntimeError: Expected 5-dimensional input for 5-dimensional weight 64 3 3 3, but got 4-dimensional input of size [64, 80, 96, 80] instead
該当のソースコード
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import torch
import torchvision
import torch.nn as nn
import torch.nn.init as init
import torch.optim as optim
import torch.nn.functional as F
import torchvision.transforms as transforms
import numpy as np
from matplotlib import pyplot as plt
from skimage import io, transform
from torch.utils.data import Dataset
from dataset import CLASS_MAP
import dataset
CLASS_MAP = {"CN": 0, "AD": 1, "LMCI": 2, "SMC": 3, "EMCI": 4}
class BrainData(Dataset):
def __init__(self, data, transform=None, class_map=CLASS_MAP):
self.data = data
self.class_map = class_map
self.transform = transform
def __len__(self):
return len(self.data)
def __getitem__(self, idx):
if torch.is_tensor(idx):
idx = idx.tolist()
voxel = self.data[idx]["voxel"]
label = self.class_map[self.data[idx]["label"]]
#return sample
return (voxel, label)
data = dataset.load_data(["ADNI2"])
data_set = BrainData(data, CLASS_MAP)
n_train = int(len(data_set) * 0.8)
n_val = int(len(data_set) - n_train)
torch.manual_seed(0)
train_dataset, val_dataset = torch.utils.data.random_split(data_set, [n_train, n_val])
train_loader = torch.utils.data.DataLoader(
train_dataset, batch_size=64, shuffle=True, num_workers=5)
val_loader = torch.utils.data.DataLoader(
val_dataset, batch_size=64, shuffle=False, num_workers=5)
# set data loader
train_loader = torch.utils.data.DataLoader(
dataset=train_dataset,
batch_size=64,
shuffle=True,
num_workers=5)
val_loader = torch.utils.data.DataLoader(
dataset=val_dataset,
batch_size=64,
shuffle=False,
num_workers=5)
#class AlexNet
class AlexNet(nn.Module):
def __init__(self, num_classes):
super(AlexNet, self).__init__()
self.features = nn.Sequential(
nn.Conv3d(3, 64, kernel_size=3, padding=1),
nn.ReLU(inplace=True),
nn.MaxPool2d(kernel_size=2, stride=2),
nn.Conv3d(64, 192, kernel_size=5, padding=2),
nn.ReLU(inplace=True),
nn.MaxPool2d(kernel_size=2, stride=2),
nn.Conv3d(192, 384, kernel_size=3, padding=1),
nn.ReLU(inplace=True),
nn.Conv3d(384, 256, kernel_size=3, padding=1),
nn.ReLU(inplace=True),
nn.Conv3d(256, 256, kernel_size=3, padding=1),
nn.ReLU(inplace=True),
nn.MaxPool2d(kernel_size=2, stride=2),
)
self.classifier = nn.Sequential(
nn.Dropout(),
nn.Linear(256 * 4 * 4, 4096),
nn.ReLU(inplace=True),
nn.Dropout(),
nn.Linear(4096, 4096),
nn.ReLU(inplace=True),
nn.Linear(4096, num_classes),
)
def forward(self, x):
x = self.features(x)
x = x.view(x.size(0), 256 * 4 * 4)
x = self.classifier(x)
return x
# select device
num_classes = 5
device = 'cuda' if torch.cuda.is_available() else 'cpu'
net = AlexNet(num_classes).to(device)
# optimizing
criterion = nn.CrossEntropyLoss()
optimizer = optim.SGD(net.parameters(), lr=0.01, momentum=0.9, weight_decay=5e-4)
# training
num_epochs = 20
train_loss_list, train_acc_list, val_loss_list, val_acc_list = [], [], [], []
### training
for epoch in range(num_epochs):
train_loss, train_acc, val_loss, val_acc = 0, 0, 0, 0
# ====== train_mode ======
net.train()
for i, (images, labels) in enumerate(train_loader):
images, labels = images.to(device), labels.to(device)
optimizer.zero_grad()
outputs = net(images)
loss = criterion(outputs, labels)
train_loss += loss.item()
train_acc += (outputs.max(1)[1] == labels).sum().item()
loss.backward()
optimizer.step()
avg_train_loss = train_loss / len(train_loader.dataset)
avg_train_acc = train_acc / len(train_loader.dataset)
# ====== val_mode ======
net.eval()
with torch.no_grad():
for images, labels in val_loader:
images = images.to(device)
labels = labels.to(device)
outputs = net(images)
loss = criterion(outputs, labels)
val_loss += loss.item()
val_acc += (outputs.max(1)[1] == labels).sum().item()
avg_val_loss = val_loss / len(val_loader.dataset)
avg_val_acc = val_acc / len(val_loader.dataset)
print ('Epoch [{}/{}], Loss: {loss:.4f}, val_loss: {val_loss:.4f}, val_acc: {val_acc:.4f}'
.format(epoch+1, num_epochs, i+1, loss=avg_train_loss, val_loss=avg_val_loss, val_acc=avg_val_acc))
train_loss_list.append(avg_train_loss)
train_acc_list.append(avg_train_acc)
val_loss_list.append(avg_val_loss)
val_acc_list.append(avg_val_acc)
# plot graph
plt.figure()
plt.plot(range(num_epochs), train_loss_list, color='blue', linestyle='-', label='train_loss')
plt.plot(range(num_epochs), val_loss_list, color='green', linestyle='--', label='val_loss')
plt.legend()
plt.xlabel('epoch')
plt.ylabel('loss')
plt.title('Training and validation loss')
plt.grid()
plt.show()
plt.figure()
plt.plot(range(num_epochs), train_acc_list, color='blue', linestyle='-', label='train_acc')
plt.plot(range(num_epochs), val_acc_list, color='green', linestyle='--', label='val_acc')
plt.legend()
plt.xlabel('epoch')
plt.ylabel('acc')
plt.title('Training and validation accuracy')
plt.grid()
plt.show()
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