LinuxでのJavaを用いたソフトの使用が上手くいかないです

Question

■やりたいこと
LinuxでJavaを用いたプログラムを動かしたいのです。

■困っていること。
下記のようなエラーが出てしまい、対応ができずこまっています。
Error occurred during initialization of VM
Could not reserve enough space for 10485760KB object heap

※先日私が質問した質問と類似しているのですが、その時は半角が抜けているというミスでした。今回は別の原因とおもいます。考えられそうな原因と対策を教えていただけないでしょうか?中々理由がわからず困っています。

■コード(該当する部分抜粋)
GATK="${パス}/gatk"

${GATK} --java-options "-Xmx10G" ・・・以下続く

※GATKというソフトを動かしています。

■試したこと
ヒープサイズの問題なのかと思い、Xmx10Gを色々512Mであったり動かしてみたのですが、効果がなかったです。

Comments

[退会済みユーザー]

その前の質問のプログラムをKILLしてみましょう

[Learnin]

返答ありがとうございます。ps -aでも確認してみたのですが、その前のプログラムは動いていないとおもいます。

[Learnin]

自己解決しました。
シェルスクリプトを書いていたのですが、その中で参照していたファイルで私の実行権限がないファイルがあって、それが原因だったみたいです。皆様ご回答をありがとうございました。

Answer 1

エラーメッセージは10GBのヒープが確保できなかったというエラーだとおもいます。

https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360036194592-Getting-started-with-GATK4
によると、

gatk [--java-options "-Xmx4G"] ToolName [GATK args]

とありますので 4GB程度にしてみてください。

Comments

[退会済みユーザー]

512M指定もしとるよ。
おそらく前の質問のプログラムを限界設定で起動してるからヒープを確保できないおちのきがしてる私がいる

[Learnin]

ulimit -a で確認したら、
max memory sizeやmax loced memoryやvirtual memory はunlimitedになっていました。これらを適当ななにかしらの値にするということでしょうか?