Rで複数のファイルのパス名をテキストファイルにまとめて読み込む方法

Question

Rのtximportという、ちょっとマニアックなパッケージについての質問になります。
下記の様にカレントディレクトリにいくつかディレクトリ、ファイルが格納されています。

> setwd("~/iziz/practice/kallisto2")
> file.path()
character(0)
> list.files()
 [1] "kallisto_sample2.txt" "path.txt"             "SRR1550989"           "SRR1551005"          
 [5] "SRR1551011"           "SRR1551050"           "SRR1551057"           "SRR1551071"          
 [9] "SRR1551091"           "t2g2.txt"             "target2gene.txt"     
> list.dirs()
[1] "."            "./SRR1550989" "./SRR1551005" "./SRR1551011" "./SRR1551050" "./SRR1551057" "./SRR1551071"
[8] "./SRR1551091"

＃SRRから始まる各ファイルにtsvファイルが保存されている
> setwd("~/kitaz/practice/kallisto4/SRR1551071")
> list.files()
[1] "abundance.h5"  "abundance.tsv" "run_info.json"

このtsvファイルをtximportというパッケージを使って読み取りたいのですが、下記の様にファイルのパスを直接入力すると読み込めます。

> library(tximport)
> txi <- tximport('SRR1551071/abundance.tsv', type = 'kallisto', txOut = TRUE)

ここで、SRRから始まる全てのディレクトリに保存されているtsvファイルを同じ様に読み込みたいのですが、方法を教えて頂けないでしょうか？

＜以下、試したこと＞

マニュアル等ではファイルのパスをテキスト形式でまとめてそれを読み込むということになっていますが、エラーが出ます。

> path_list
                                   V1
1 SRR1550989/SRR1550989-abundance.tsv
2 SRR1551005/SRR1551005-abundance.tsv
3 SRR1551011/SRR1551011-abundance.tsv
4 SRR1551050/SRR1551050-abundance.tsv
5 SRR1551057/SRR1551057-abundance.tsv
6 SRR1551071/SRR1551071-abundance.tsv
7 SRR1551091/SRR1551091-abundance.tsv

> txi <- tximport(path_list, type = 'kallisto', txOut = TRUE)
 file.exists(files) でエラー:  'file' 引数が不正です

下記リンクを参考に、下記の様なコードも試しましたが、うまくいきません。

> kallisto.files <- file.path(list.files('.', pattern = 'exp_kallisto'), 'abundance.tsv')
> txi <- tximport(kallisto.files, type = "kallisto", txOut = TRUE)

file.pathとかlist.fileの使い方がよくわかっていませんが、要はパスを指定してtximportに読ませているということだと思うのですが。

何卒よろしくお願いいたします。

Answer 1

for( i in 1:7){
  assign(paste("txi", i, sep=""), tximport(path_list[i,1], type = 'kallisto', txOut = TRUE))
}