R Studio(Version 1.2.5033)でDESeq2というパッケージを使用したく、ネットの情報をもとに以下のように入力しました。
R
1> if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) 2+ install.packages("BiocManager") 3> BiocManager::install("DESeq2")
しかし、以下のようなエラーが出てしまいます。
R
1* installing *source* package 'GenomeInfoDbData' ... 2** using staged installation 3 file(file, if (append) "a" else "w") 縺ァ隴ヲ蜻翫′縺ゅj縺セ縺励◆: 4 繝輔ぃ繧、繝ォ 'C:/Users/hoge/OneDrive/hLg/R/win-library/3.6/00LOCK-GenomeInfoDbData/00new/GenomeInfoDbData/DESCRIPTION' 繧帝幕縺上%縺ィ縺後〒縺阪∪縺帙s: Invalid argument 5Error in file(file, if (append) "a" else "w") : 6 繧ウ繝阪け繧キ繝ァ繝ウ繧帝幕縺上%縺ィ縺後〒縺阪∪縺帙s 7ERROR: installing package DESCRIPTION failed for package 'GenomeInfoDbData' 8* removing 'C:/Users/hoge/OneDrive/ドキュメント/R/win-library/3.6/GenomeInfoDbData'
実際、このあと > library(DESeq2) をしても、
R
1要求されたパッケージ GenomeInfoDb をロード中です 2Error: package or namespace load failed for ‘GenomeInfoDb’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]): 3 ‘GenomeInfoDbData’ という名前のパッケージはありません 4 エラー: パッケージ ‘GenomeInfoDb’ をロードできませんでした
となります。 > BiocManager::install("DESeq2", dependencies=TRUE) も試しましたが、駄目でした。
また "C:/Users/hoge/OneDrive/ドキュメント/" にカタカナが含まれるせいかと考え、Documents にフォルダ名を変更し、R studio の Default working directory も変更しましたが同様の結果になりました。
どうすれば、良いでしょうか?
【追記】
R
1> sessionInfo() 2R version 3.6.3 (2020-02-29) 3Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 4Running under: Windows 10 x64 (build 18362) 5 6Matrix products: default 7 8locale: 9[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Japan.932 LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C LC_TIME=Japanese_Japan.932 10 11attached base packages: 12[1] parallel stats4 stats graphics grDevices utils datasets methods base 13 14other attached packages: 15[1] IRanges_2.20.2 S4Vectors_0.24.4 BiocGenerics_0.32.0 16 17loaded via a namespace (and not attached): 18[1] BiocManager_1.30.10 compiler_3.6.3 tools_3.6.3 RCurl_1.98-1.1 bitops_1.0-6
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