Eメールの解析はまじめに取り組むとかなり大変です。インターネットEメール自体歴史が古いので、様々なフォーマットとそれらを扱う送信元の利用者のメーラーがあります。
Eメールは件名と内容部分でフォーマットが異なり、PlainText, ISO-2022-JP(≒JISコード), Quoted Printableなどに加えて文字コードの違いもあります。最近はhtmlやmime(マイム)のマルチパート構成で添付ファイルを付けたりするので、mimeの知識も必要です。メールのヘッダー部分についてはMTA(Mail Transfer Agent)を経由するごとに追加されてきたりするので、これまた百花繚乱です。
これらの仕様については、Eメールに関するISOのRFC(Request For Comments)に記載されています。仕様というか「皆でこうしましょう」という「提言」なので、メーラーがそれに準じていることが前提になります。準じていないソフトはいずれ淘汰されるので、受信したEメールがもし推奨されないフォーマットになっていたら、個別対応で良いと思います。(これは例えば、古い、古ーい問題のあるメーラーから送られるEメールで起こり得ます)
メール配信サービスで有名なSendGridさんの記事です。
メール関連のRFC - SendGridブログ
※Eメールとそれに関連するRFCはもっともっとたくさんあります。
あまり細かいことを言わずに解析したいのであれば、Eメールに関するライブラリが充実しているプログラミング言語を選び、そのAPIで取り扱うことで大抵のことはできると思います。目的のテキストに対する処理が主要となるので、やりたいことを達成できるご自身のプログラミング技術が必要でしょう。データベースの扱いはテーブル設計など別の話になります。
あまりEメールの生のデータを扱いたくないのであれば、例えばGmailなどに一貫して受信させてしまい、そちらから取り出すことでフォーマットの統一は図れると思います。