どんなカスタマイズをしたいのかわかりませんが、
とりあえず「UINavigationBar カスタマイズ」でgoogle検索すれば
やりたいことに応じていろいろなやり方が出てくるはずです。
① ナビゲーションアイテムとしてUIToolBarを追加し、ToolBar上に設置したいアイテムを追加する
UIToolBarを追加しなくても、UINavigationItemのtitleViewやrightBarButtonItem等に新しいビューやボタンやスイッチを直接追加できます。
http://blog.kazuya.co/ios/2014/07/08/ios-cutom-navibar.html
が参考になると思います。
②UINavigationControllerのナビゲーションバーを完全自作する。
ボタンやスイッチを追加したいだけなら、UINavigationItemにそれを追加すればよいだけだし、独自のボタン配置をしたいならUINavigationItemのサブクラスを作るだけでよいかもしれません。
もしUIViewのサブクラスでナビゲーションバーを作るつもりなら、UINavigationControllerとの連動をどうするかが難しくなると思うので、それよりはUINavigationControllerのサブクラスを作った方がやりやすいかもしれません。
やりたいことをもっと具体化しないと、それを実現するための最良の方法もわからないと思います。