pydicomでDICOM画像を表示できない

Question

DICOM画像をpydicomを用いて表示させようとしたのですがエラーが発生してしまいます．

import os
import pydicom as dicom
import matplotlib.pyplot as plt


def load_ct():
    data_dir = 'eso_limphCTData2'
    dicom_dir = '9_8910035thin'
    dicom_data = os.path.join(os.getcwd(), os.path.join(data_dir, dicom_dir))

    dicom_files = []

    # dicomファイルのパスをリスト化
    for file in os.listdir(dicom_data):
        dicom_files.append(os.path.join(dicom_data, file))

    # d = dicom.read_file(dicom_files[0])
    d = dicom.dcmread(dicom_files[0])
    print(d)  # dicomのデータを確認(ここまでは正常に動いた)
    plt.imshow(d.pixel_array)   # エラーが発生
    plt.show()

以下が表示されているエラーコードです.

OSError: cannot identify image file <_io.BytesIO object at 0x00000264BE412C50>

dicomのヘッダ情報は正常に出力できているので，パスの間違い等はないと思います．

pydicomでは読み込めないdicomデータなのでしょうか?

解決策がわかる方，ご教示ください!

追記
下記サイトを参考にしました．
https://qiita.com/fukuit/items/ed163f9b566baf3a6c3f
https://qiita.com/tatsuya11bbs/items/1971f1414c4f0bd18ea9

Comments

[tiitoi]

plt.imshow() でエラーが起きたということは matplotlib が対応していないのではないでしょうか

[Takayou]

回答ありがとうございます.
「matplotlibが対応していない」というのは今回読み込んだdicomデータはmatplotlibで表示できないもの，ということでしょうか．

dicomデータの中でmatplotlibで表示できるもの，できないものがあるのがなぜなのかわかりません．．．

[tiitoi]

d.pixel_array はどういうデータなのでしょうか
numpy 配列なのであれば、エラーが出たデータで shape や dtype がどうなっているのか教えてください

[Takayou]

正直，調べながらという状況なので
「dicomデータのpixcel値のみを取り出したもの」という事しかわかっていません．

データの型を確認しようとしましたが，
a = d.pixel_array
とした時点で上記のエラーが発生している状況です．

[SHOMI]

DICOMファイルはRAW,JPEG,JPEG2000等複数のフォーマットを格納できるので、表示できているファイルとタグ内容を比較してみては？

[Takayou]

SHOMIさん，ありがとうございます．
タグ内容を比較して，解決に至ることができました．

Answer 1

Dicomのデータ形式が通常と異なっているため，読み込めなかったようです

• データ形式が画像データの時(?)は，通常OW(Other Word String)を使用するが，今回のDicomのデータ形式はOB(Other Byte String)になっていた．

  # 読み込めないDicomのHeader(一部)
  (7fe0, 0010) Pixel Data                          OB: Array of 199148 elements
  # 読み込めるDicomのHeader(一部)
  (7fe0, 0010) Pixel Data                          OW: Array of 524288 elements
  

参考
- http://chtgkato3.med.hokudai.ac.jp/lecture/MoriDICOMslides.pdf
- http://www.jira-net.or.jp/dicom/file/dicom_201002_MRC_vol19-1.pdf

フリーソフトを使用して，OBをOWに変換するとうまく表示できました．
参考

- https://www.kuhp.kyoto-u.ac.jp/~diag_rad/intro/tech/dicom_tools.ja.html#FEATURES

Answer 2

• Dicomのデータ形式が通常と異なっているため，読み込めなかったようです

• データ形式が画像データの時(?)は，通常OW(Other Word String)を使用するが，今回のDicomのデータ形式はOB(Other Byte String)になっていた．

  # 読み込めないDicomのHeader(一部)
  (7fe0, 0010) Pixel Data                          OB: Array of 199148 elements
  # 読み込めるDicomのHeader(一部)
  (7fe0, 0010) Pixel Data                          OW: Array of 524288 elements
  

  • http://chtgkato3.med.hokudai.ac.jp/lecture/MoriDICOMslides.pdf

  • http://www.jira-net.or.jp/dicom/file/dicom_201002_MRC_vol19-1.pdf

  • フリーソフトを使用して，OBをOWに変換した．

    • https://www.kuhp.kyoto-u.ac.jp/~diag_rad/intro/tech/dicom_tools.ja.html#FEATURES