今回のキモは、ID "particles" 要素ではなく、ID "particles" 直下の子要素に対し、margin-top を調整することにあります。
HTML
1<div id="particles">
2 <div id="intro"> <!-- ← この要素の margin-top を調整する -->
3 <h1>Particleground</h1>
4 <p>A JavaScript plugin for snazzy background particle systems</p>
5 <a href="https://github.com/jnicol/particleground/archive/master.zip" class="btn">Download</a>
6 </div>
7</div>
Javascript
1$(document).ready(function() {
2 $('#particles').particleground({
3 dotColor: '#5cbdaa',
4 lineColor: '#5cbdaa'
5 });
6 // ↓↓↓ ここがキモ ↓↓↓
7 // 縦要素中央表示:#intro の高さの半分を margin-top の負値として設定
8 $('#intro').css({
9 'margin-top': -($('#intro').height() / 2)
10 });
11});
※ 上記コードは未検証です。。。ごめんなさい。