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Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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networkxのノードの固定方法がわからず苦戦しています。。

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投稿2020/02/10 10:03

編集2020/02/11 10:47

異なる2つのテキストファイルを使ってnetworkxでグラフを作る際に、2つのファイルで共通するデータ(ノード)の位置を固定してグラフを表示したいのですが、何かいい方法はありますでしょうか?
どなたかご教授よろしくお願いいたします。。
例えば、seedでノードごとに固定する方法などありましたら教えて下さい。。

【データ1:test_1.txt】

A B E C A C E D A E B D C E A B

【データ2:test_2.txt】

A Z W D Y A A X W X Y Z A D

【データ1コード】

pythoon

1g = Graph() 2g = nx.read_edgelist('test_1.txt', nodetype=str) 3pos = nx.spring_layout(g, k=1, seed=2) 4 5plt.figure(figsize=(10, 10)) 6pr = nx.pagerank(g) 7nx.draw_networkx_edges(g, pos, edge_color='khaki', alpha=1) 8#node_sizeにPageRankの値を組み込む 9nx.draw_networkx_nodes(g, pos, node_color=list(pr.values()), cmap=plt.cm.Greens, 10 alpha=0.5, node_size=[20000*v for v in pr.values()], font_family='IPAexGothic') 11nx.draw_networkx_labels(g, pos, font_size=10, font_family='IPAexGothic', dpi=2000) 12plt.axis('off') 13 14plt.savefig("test_1.svg", dpi=2000)

【データ2:コード】

python

1g = Graph() 2g = nx.read_edgelist('test_2.txt', nodetype=str) 3pos = nx.spring_layout(g, k=1, seed=2) 4 5plt.figure(figsize=(10, 10)) 6pr = nx.pagerank(g) 7nx.draw_networkx_edges(g, pos, edge_color='khaki', alpha=1) 8#node_sizeにPageRankの値を組み込む 9nx.draw_networkx_nodes(g, pos, node_color=list(pr.values()), cmap=plt.cm.Greens, 10 alpha=0.5, node_size=[20000*v for v in pr.values()], font_family='IPAexGothic') 11nx.draw_networkx_labels(g, pos, font_size=10, font_family='IPAexGothic', dpi=2000) 12plt.axis('off') 13 14plt.savefig("test_2.svg", dpi=2000)

【データ1出力画像】
イメージ説明

【データ2出力画像】
イメージ説明

↑AとDのノードの位置がバラバラになってしまっている。

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spring_layoutを呼び出す際にposおよびfixed引数を適切に指定することで、任意のノードの位置を固定できます。

たとえば以下のように指定することが可能です。

python

1pos = nx.spring_layout(g, k=1, seed=2, pos={"A":[0, 0], "B":[1, 0]}, fixed=["A", "B"])

ただし、これをやるとグラフの形状が歪むようです。本来異なる形状になるべきグラフの間で整合を取るのはなかなか困難なようにも思いますので、個人的にはそこまでしない方が良いようにも思います。

spring_layout — NetworkX 1.9 documentation

投稿2020/02/13 15:04

hayataka2049

総合スコア30933

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退会済みユーザー

退会済みユーザー

2020/02/14 03:15

ご回答ありがとうございます! 確かにグラフが歪みますね、、要素の繋がりを網羅するためには仕方ないのかもしれませんが、、 しかし一つの引き出しとして知識が増えました! ありがとうございますm(__)m
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