Q&A
環境構築手順が公式の「conda env create --name lead_detection --file environment.yml」と異なりますが、何か理由があるのでしょうか？
問題点
Githubで公開されているpythonコード(https://github.com/d-murashkin/lead_detection)を使用してデータの処理をしたいのですが、エラーが解決できません。普段はpythonを使っておらず対処方法がわからないので、教えていただけると幸いです。
コード提供者はLinux環境で実行しており、問題なく動くそうです。
実行内容
conda create --name lead_detection conda activate lead_detection conda install -c conda-forge numpy conda install -c conda-forge python=2.7.17 conda install -c conda-forge gdal conda install -c conda-forge joblib conda install -c conda-forge opencv conda install -c conda-forge matplotlib conda install -c conda-forge weave conda install -c conda-forge pillow conda install -c conda-forge scipy python process_single_product.py -s /Users/main/Analysis/Lead/src/lead_detection-master/ -d /Users/main/ S1A_EW_GRDM_1SDH_20200127T172331_20200127T172441_030989_038F1F_FE78.zip
エラーメッセージ
Traceback (most recent call last):
File "process_single_product.py", line 48, in <module>
dec=2, first_band='hh', nolv=True, classifier_name='RFC_nolv')
File "/Users/main/Analysis/Lead/src/lead_detection-master/lead_detection.py", line 36, in lead_classification
result_product = classify_(p.HH.data, band='hh', dec=dec, inp_fld=classifier_fld, classifier=classifier_name, nolv=nolv)
File "/Users/main/Analysis/Lead/src/lead_detection-master/lead_detection.py", line 112, in classify_
clf = joblib.load(inp_fld + classifier + '_' + band + '.pkl')
File "/Users/main/opt/miniconda2/envs/lead_detection/lib/python2.7/site-packages/joblib/numpy_pickle.py", line 605, in load
obj = _unpickle(fobj, filename, mmap_mode)
File "/Users/main/opt/miniconda2/envs/lead_detection/lib/python2.7/site-packages/joblib/numpy_pickle.py", line 529, in _unpickle
obj = unpickler.load()
File "/Users/main/opt/miniconda2/envs/lead_detection/lib/python2.7/pickle.py", line 864, in load
dispatchkey
KeyError: 'v'
実行環境
conda info active environment : lead_detection active env location : /Users/main/opt/miniconda2/envs/lead_detection shell level : 1 user config file : /Users/main/.condarc populated config files : conda version : 4.7.12 conda-build version : not installed python version : 2.7.17.final.0 virtual packages : base environment : /Users/main/opt/miniconda2 (writable) channel URLs : https://repo.anaconda.com/pkgs/main/osx-64 https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch https://repo.anaconda.com/pkgs/r/osx-64 https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch package cache : /Users/main/opt/miniconda2/pkgs /Users/main/.conda/pkgs envs directories : /Users/main/opt/miniconda2/envs /Users/main/.conda/envs platform : osx-64 user-agent : conda/4.7.12 requests/2.22.0 CPython/2.7.17 Darwin/19.0.0 OSX/10.15 UID:GID : 501:20 netrc file : /Users/main/.netrc offline mode : False
conda list packages in environment at /Users/main/opt/miniconda2/envs/lead_detection: Name Version Build Channel backports 1.0 py_2 conda-forge backports.functools_lru_cache 1.6.1 py_0 conda-forge backports_abc 0.5 py_1 conda-forge blas 1.0 mkl bzip2 1.0.8 h1de35cc_0 ca-certificates 2019.11.28 hecc5488_0 conda-forge cairo 1.14.12 hc4e6be7_4 cctools 895 1 certifi 2019.11.28 py27_0 conda-forge cfitsio 3.470 hb33e7b4_2 clang 4.0.1 1 clang_osx-64 4.0.1 h1ce6c1d_17 conda-forge clangxx 4.0.1 1 clangxx_osx-64 4.0.1 h22b1bf0_17 conda-forge compiler-rt 4.0.1 hcfea43d_1 curl 7.67.0 ha441bb4_0 cycler 0.10.0 py_2 conda-forge expat 2.2.6 h0a44026_0 fontconfig 2.13.0 h5d5b041_1 freetype 2.9.1 hb4e5f40_0 freexl 1.0.5 h1de35cc_0 functools32 3.2.3.2 py_3 conda-forge futures 3.3.0 py27_0 conda-forge gdal 3.0.2 py27hbe65578_0 geos 3.8.0 h0a44026_0 geotiff 1.5.1 h0b0f252_0 gettext 0.19.8.1 h15daf44_3 giflib 5.1.4 h1de35cc_1 glib 2.63.1 hd977a24_0 hdf4 4.2.13 h39711bb_2 hdf5 1.10.4 hfa1e0ec_0 icu 58.2 h4b95b61_1 intel-openmp 2019.4 233 jasper 1.900.1 4 conda-forge joblib 0.14.1 py_0 conda-forge jpeg 9b he5867d9_2 json-c 0.13.1 h3efe00b_0 kealib 1.4.7 hf5ed860_6 kiwisolver 1.1.0 py27h770b8ee_0 conda-forge krb5 1.16.4 hddcf347_0 ld64 274.2 1 libblas 3.8.0 14_mkl conda-forge libboost 1.67.0 hebc422b_4 libcblas 3.8.0 14_mkl conda-forge libcurl 7.67.0 h051b688_0 libcxx 4.0.1 hcfea43d_1 libcxxabi 4.0.1 hcfea43d_1 libdap4 3.19.1 h3d3e54a_0 libedit 3.1.20181209 hb402a30_0 libffi 3.2.1 h475c297_4 libgdal 3.0.2 h42cfeda_0 libgfortran 3.0.1 h93005f0_2 libiconv 1.15 hdd342a3_7 libkml 1.3.0 hbe12b63_4 liblapack 3.8.0 14_mkl conda-forge libnetcdf 4.6.1 hd5207e6_2 libpng 1.6.37 ha441bb4_0 libpq 11.2 h051b688_0 libspatialite 4.3.0a h5142b36_0 libssh2 1.8.2 ha12b0ac_0 libtiff 4.1.0 hcb84e12_0 libxml2 2.9.9 hf6e021a_1 llvm 4.0.1 1 llvm-lto-tapi 4.0.1 1 lz4-c 1.8.1.2 h1de35cc_0 matplotlib 2.2.3 py27h54f8f79_0 mkl 2019.4 233 mkl-service 2.3.0 py27hfbe908c_0 mkl_fft 1.0.15 py27h5e564d8_0 ncurses 6.1 h0a44026_1 numpy 1.11.3 py27h8a80b8c_4 olefile 0.46 py_0 conda-forge opencv 2.4.12 np111py27_1 conda-forge openjpeg 2.3.0 hb95cd4c_1 openssl 1.1.1d h0b31af3_0 conda-forge pcre 8.43 h0a44026_0 pillow 6.2.0 py27hb68e598_0 pip 19.2.3 py27_0 pixman 0.38.0 h1de35cc_0 poppler 0.65.0 ha097c24_1 poppler-data 0.4.9 0 postgresql 11.2 h051b688_0 proj 6.2.1 hfd5b9e3_0 pyparsing 2.4.6 py_0 conda-forge python 2.7.17 h97142e2_0 python-dateutil 2.8.1 py_0 conda-forge pytz 2019.3 py_0 conda-forge readline 7.0 h1de35cc_5 scipy 1.2.1 py27hbd7caa9_1 conda-forge setuptools 41.4.0 py27_0 singledispatch 3.4.0.3 py27_1000 conda-forge six 1.12.0 py27_0 sqlite 3.30.1 ha441bb4_0 subprocess32 3.5.4 py27h0b31af3_0 conda-forge tbb 2018.0.5 h04f5b5a_0 tiledb 1.6.3 h29f752d_0 tk 8.6.8 ha441bb4_0 tornado 5.1.1 py27h1de35cc_1000 conda-forge weave 0.17.0 py27haf112f3_2 conda-forge wheel 0.33.6 py27_0 xerces-c 3.2.2 h44e365a_0 xz 5.2.4 h1de35cc_4 zlib 1.2.11 h1de35cc_3 zstd 1.3.7 h5bba6e5_0
使用環境がMacなので、environment.ymlをそのまま使えませんでした、また、.ymlのlinux-64部分をosx-64に置換して実行しても、いくつかのパッケージはすでに存在せず、not foundエラーが発生します。試しにlinuxサーバーでenvironment.ymlを使って仮想環境を構築しようとしてみましたが、やはりいつかのパッケージはなく、エラーが出ました。
私にはエラーの原因がわからないので、修正したくてもどこを修正すれば良いのかわかりません。(インストールされるべきパッケージがインストールされていないのか、それとも提供されているコードに問題があるのか、pythonの実行の仕方に問題があるのか、など)。ご教授いただけると幸いです。
当方環境(Linux)でも同様の状況（404エラーが発生）でパッケージがインストールできず仮想環境の構築すらできませんでした。
よって提供されている情報一式（コード、environment.yml）に問題がありますので、提供者に教授いただくのがよいかと思います。
提供者に連絡し、environment.ymlファイルを修正していもらいました。README.mdもアップデートされています。
修正版では仮想環境の構築、アクティベートは問題なくできますが、やはち同様のエラーメッセージが出てしまいます。
conda develop <path to sentinel1_routines/reader.py>も実行済みです。
なお、現在はLinux環境で作業を行っています。
提供者にも連絡していますが、時差の関係でなかなか話が進みません。
エラーの解決方法をご教授いただけないでしょうか。
よろしくお願いいたします。
回答1件
0
自己解決
結局のところ、Githubに問題があったようです。
ファイルサイズが大きものをGithubからダウンロードする際には少し工夫が必要です。
投稿2020/03/06 00:21
総合スコア4
あなたの回答
tips
プレビュー
