前提・実現したいこと
生物学の分野でsingel cell RNA-seqの解析をしています。
初めてご質問させていただきます。
Pythonにvelocyto.pyというパッケージを利用したいと思っています。
http://velocyto.org/velocyto.py/install/index.html
チュートリアル通りに進めたのですがエラーが出ます。
その前提としてconda install gccをするように言われました。
https://github.com/velocyto-team/velocyto.py/issues/53
一応、
$ which gcc
/opt/anaconda3/bin/gcc
となるので、gccを入れられていると思うのですが、
velocyto --help
で確かめると以下のようなエラーが出ます
コンパイラがおかしいのでしょうか、、
よくわからなくて困っております。
ご存知の方がおられましたらご教授いただけると幸いです。。
発生している問題・エラーメッセージ
$velocyto --help
Traceback (most recent call last):
File "/opt/anaconda3/bin/velocyto", line 6, in <module>
from velocyto.commands.velocyto import cli
File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/velocyto/init.py", line 13, in <module>
from .estimation import fit_slope, _fit1_slope, clusters_stats
File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/velocyto/estimation.py", line 7, in <module>
from .speedboosted import _colDeltaCor, _colDeltaCorLog10, _colDeltaCorSqrt
ImportError: dlopen(/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/velocyto/speedboosted.cpython-37m-darwin.so, 2): Symbol not found: _GOMP_loop_nonmonotonic_guided_next
Referenced from: /opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/velocyto/speedboosted.cpython-37m-darwin.so
Expected in: flat namespace
in /opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/velocyto/speedboosted.cpython-37m-darwin.so
### 該当のソースコード ```言語 Python 3.7.4 ソースコード
試したこと
conda install gcc
補足情報(FW/ツールのバージョンなど)
ここにより詳細な情報を記載してください。
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