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MacOS(OSX)

MacOSとは、Appleの開発していたGUI(グラフィカルユーザーインターフェース)を採用したオペレーションシステム(OS)です。Macintoshと共に、市場に出てGUIの普及に大きく貢献しました。

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

Q&A

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Mac Mojave10.14 conda install gcc ができません

iaki

総合スコア7

MacOS(OSX)

MacOSとは、Appleの開発していたGUI(グラフィカルユーザーインターフェース)を採用したオペレーションシステム(OS)です。Macintoshと共に、市場に出てGUIの普及に大きく貢献しました。

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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投稿2020/01/20 08:50

前提・実現したいこと

生物学の分野でsingel cell RNA-seqの解析をしています。
初めてご質問させていただきます。

Pythonにvelocyto.pyというパッケージを利用したいと思っています。
http://velocyto.org/velocyto.py/install/index.html
チュートリアル通りに進めたのですがエラーが出ます。
その前提としてconda install gccをするように言われました。
https://github.com/velocyto-team/velocyto.py/issues/53
一応、
$ which gcc
/opt/anaconda3/bin/gcc
となるので、gccを入れられていると思うのですが、
velocyto --help
で確かめると以下のようなエラーが出ます
コンパイラがおかしいのでしょうか、、
よくわからなくて困っております。
ご存知の方がおられましたらご教授いただけると幸いです。。

発生している問題・エラーメッセージ

$velocyto --help
Traceback (most recent call last):
File "/opt/anaconda3/bin/velocyto", line 6, in <module>
from velocyto.commands.velocyto import cli
File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/velocyto/init.py", line 13, in <module>
from .estimation import fit_slope, _fit1_slope, clusters_stats
File "/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/velocyto/estimation.py", line 7, in <module>
from .speedboosted import _colDeltaCor, _colDeltaCorLog10, _colDeltaCorSqrt
ImportError: dlopen(/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/velocyto/speedboosted.cpython-37m-darwin.so, 2): Symbol not found: _GOMP_loop_nonmonotonic_guided_next
Referenced from: /opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/velocyto/speedboosted.cpython-37m-darwin.so
Expected in: flat namespace
in /opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/velocyto/speedboosted.cpython-37m-darwin.so

### 該当のソースコード ```言語 Python 3.7.4 ソースコード

試したこと

conda install gcc

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