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NumPy

NumPyはPythonのプログラミング言語の科学的と数学的なコンピューティングに関する拡張モジュールです。

機械学習

機械学習は、データからパターンを自動的に発見し、そこから知能的な判断を下すためのコンピューターアルゴリズムを指します。人工知能における課題のひとつです。

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

配列

配列は、各データの要素(値または変数)が連続的に並べられたデータ構造です。各配列は添え字(INDEX)で識別されています。

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3回答

1708閲覧

numpy でこの複雑な行列をどうやって効率的に作れますか

Saikohage

総合スコア5

NumPy

NumPyはPythonのプログラミング言語の科学的と数学的なコンピューティングに関する拡張モジュールです。

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配列

配列は、各データの要素(値または変数)が連続的に並べられたデータ構造です。各配列は添え字(INDEX)で識別されています。

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投稿2020/01/07 17:06

編集2020/01/08 10:41

前提・実現したいこと

画像のような構造の行列をPythonで効率的(高速で)作りたいです(h(i,j)等はi,jの関数)。for文を使いまくれば作れるとは思うのですが、Pythonらしく、numpy等を使ってforをなるべく使わずに作りたいです。numpyだと和の範囲が行列要素に依存しているような行列はうまくかけないのでしょうか、、、

(補足)
現在の僕のプロジェクトの計算の律速がこの行列作成となっているみたいなので、なるべく高速にこの行列を作る方法を御提示いただけると幸いです。具体的にはこのf(i,j,k)の関数系を少しづつ変えた行列を大量に作らなくては行けません。和の範囲の関数は変わりません。
![イメージ説明]

上の行列の具体例:
イメージ説明

発生している問題・エラーメッセージ

少し具体化して例えばg(i,j) = j, h(i,j) = 7-i, f(i,j,k) = sin(i+j+k)として、添字は -2 <= i,j <= 2 という条件でこの行列を作るために、以下のようなコードを書くと、次のようなエラーが表示されます。ソースコードのnp.arange(i,7-j)のiとjには関数が呼び出された時にnumpy arrayが代入されているからだとはわかっているのですが、これをどうすればいいのかわかりません。ここが、和の範囲が行列要素に依存している部分です。

ValueError: The truth value of an array with more than one element is ambiguous. Use a.any() or a.all()

該当のソースコード

Python

1def test_func(i,j): 2 ini_array = np.arange(j,7-i) 3 return np.sin(i+j+ini_array).sum() 4 5ii, jj = np.mgrid[-2:3,-2:3] 6M_matrix = test_func(ii,jj)

試したこと

np.arrange(i,7-j)の部分をfor文で作っても結局は同じ問題に、、、(forの範囲があとで代入するnumpyに依存している)

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

python 3.7
import numpy as np

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guest

回答3

0

「numpy等を使ってforをなるべく使わずに作りたい」という部分が書き方や読みやすさに関する期待だけであって、numpy を使うことによる高速化を期待しないのであれば、下記のように numpy.vectorize 関数を使うことで、実現可能です。

python

1def test_func(i,j): 2 ini_array = np.arange(j,7-i) 3 return np.sin(i+j+ini_array).sum() 4 5test_func_vectorized=np.vectorize(test_func) 6 7ii, jj = np.mgrid[-2:3,-2:3] 8M_matrix = test_func_vectorized(ii,jj)

投稿2020/01/08 07:51

編集2020/01/08 08:19
hiro-k

総合スコア902

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Saikohage

2020/01/08 10:35

行列が大きい、かつなんども作らないと行けないため、numpyを使い高速化したかったのですが、vectorizeでひとまずはすっきりしたコードになることがわかり大変参考になりました。 ご回答ありがとうございました。
guest

0

興味を持ったのでちょっと試してみました。

まずは、基本的なところで動作確認

python

1import math as m 2 3def g(i,j): 4 return j 5 6def h(i,j): 7 return 7-i 8 9def f(i,j,k): 10 return m.sin(i+j+k) 11 12def main1(): 13 ii = np.arange(-2,3) 14 jj = np.arange(-2,3) 15 16 frm = g(ii,jj) 17 print("frm: ", frm) 18 to = h(ii,jj) 19 print("to: ", to) 20 21 for j, t in enumerate(to): 22 for i, fr in enumerate(frm): 23 func = lambda k: f(i,j,k) 24 # ar = np.arange(fr, t+1) 25 ar = sum(map(func, range(fr, t+1))) 26 print(f"{i}:{j} {ar}") 27 28main1()

動作することはできました。これを効率的にできるかですが、計算時に
i,jが必要となるのが厄介です。

python

1def main2(): 2 3 ii, jj = np.mgrid[-2:3,-2:3] 4 frm = g(ii,jj) 5 to = h(ii,jj) 6 7 def fn(x): 8 return x 9 it = np.nditer(frm, flags=["multi_index"]) 10 with it: 11 while not it.finished: 12 mi = it.multi_index 13 ff = frm[mi] 14 tt = to[mi] 15 func = lambda k: f(mi[0],mi[1],k) 16 ar = sum(map(func, range(ff, tt+1))) 17 print(mi[0], mi[1], ar) 18 it.iternext() 19

こんな感じでできますが、もう少しなんとかしたいところ。
計算時のi,jをあらかじめ用意するようにします。

python

1def fromto(ii,jj): 2 return [[(g(vi[j],vj), h(vi[j],vj), i, j) for j,vj in enumerate(jj[i])] for i,vi in enumerate(ii)] 3 4def main3(): 5 ii, jj = np.mgrid[-2:3,-2:3] 6 ft = fromto(ii,jj) 7 8 def func(v): 9 ff = lambda k: f(v[2],v[3],k) 10 ar = sum(map(ff, range(v[0], v[1]+1))) 11 return ar 12 13 l = list(map(lambda x: list(map(func,x)), ft)) 14 print(l) 15

fromto関数で、計算に必要な情報をあらかじめ準備して、listに入れてしまいます。
結局mapで再度繰り返していますが、スッキリした感じがしますがいかがでしょうか。

投稿2020/01/08 07:10

t_obara

総合スコア5488

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Saikohage

2020/01/08 10:44

非常に示唆に富んだご回答ありがとうございました。補足でもあるように、行列作成の速度をあげることに苦心しています。ご提示いただいた方法を試してみたいと思います。
guest

0

自己解決

解決しました。いろいろなアイディアをご教示いただいた皆さま、どうもありがとうございました。

F_{i,j,k} = f(i,j,k) となる3次元の配列Fと、(Mask)_{i,j,k} = True if k > g(i,j) and k < h(i,j)となるようなマスク配列Maskを用意し、F*Mask してから、kについて和をとることで実現しました。

例えばg(i,j) = j, h(i,j) = 7-i, f(i,j,k) = sin(i+j+k)として、添字は -2 <= i,j <= 2 という条件では以下のようなコードとなります。

#kkの範囲はg(i,j)の最小値以上、h(i,j)の最大値以下 ii, jj, kk = np.mgrid[-2:3, -2:3, -2:8] # k > g(i,j) frm = kk > jj # k < h(i,j) to = kk < 7 - ii #マスク配列 k_mask = np.logical_and(frm,to) def f(i,j,k): return np.sin(i+j+k) M_before_mask = f(ii,jj,kk) #完成した行列 M_matrix = (M_before_mask*k_mask).sum(axis=2) コード

投稿2020/01/08 14:23

Saikohage

総合スコア5

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