お世話になっています。あるGitリポジトリをcloneしました。特にファイルの変更などはしていないのですが、clone直後から

bash
1git status
2
3（略）
4Changes not staged for commit:
5  (use "git add <file>..." to update what will be committed)
6  (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
7
8        modified:   path/to/file1
9        modified:   path/to/file2
10        modified:   path/to/file3
11        modified:   path/to/file4
12（略）

となっています。git diff path/to/file1すると変更点が多数あるようです。繰り返しになりますが私はこのファイルを編集していません。clone直後からこの状態です。

Gitに関しては詳しくなく、コマンドラインから使うこともありますが、基本はIntellij IDEAのようなツールを使っています。自分の変更をコミットするときに毎回これら4つのファイルにチェックが入ってしまい、それを外してから自分のファイルのみチェックを入れてコミットするのでたいへん面倒くさいのです。

追記

環境について書いていなかったのですが、どうやらMacのファイルシステムの問題のようです。コマンドラインからgit cloneしたところ

bash
1Cloning into 'xxx'...
2remote: Counting objects: 388324, done.
3remote: Compressing objects: 100% (102269/102269), done.
4remote: Total 388324 (delta 281457), reused 387337 (delta 280913)
5Receiving objects: 100% (388324/388324), 6.16 GiB | 5.99 MiB/s, done.
6Resolving deltas: 100% (281457/281457), done.
7Checking out files: 100% (74297/74297), done.
8warning: the following paths have collided (e.g. case-sensitive paths
9on a case-insensitive filesystem) and only one from the same
10colliding group is in the working tree:
11
12ファイル名

ファイル名の大文字小文字問題があり、Linuxでは通常大文字小文字は区別しますが、Macの場合は区別しないということが一因としてありそうです。質問については引き続きお待ちしています。

質問

この状態を解消したいのですが、どうすればいいでしょうか。このファイルは私の管理しているものではないので、diffのどちらが正しいかわからないし、判断したくないのです。git add するとコミット対象になると思うのですが、その結果リポジトリを壊してしまうことを懸念しています。
この状態は何を意味するのでしょうか。Gitに熟知しているわけではないので、なぜcloneしてきたものにステージされていないファイルが入っているのかわかりません。

よろしくお願いします。