L2で接続とのことですが、物理的に線を一本引いているわけではないですよね?研究施設と大学間とこのことですから、SINETのL2VPNを使っているということでしょうか?そういった構成であるという前提でお話しします。
TCP/IPにおいてIPパケットが順番に届く保証は一切ありません。特に基幹系の経路は冗長化されています。冗長化されている経路ではほぼ同時に送ったパケットが前後することはよくあることです。極端な例では、サーバとスイッチを2本の線で冗長化(チーミング)しているだけでもパケットが前後することがあります(昔、これのせいでUDPのTFTPがうまく動作しなくて嵌まった事がある)。この前後するかしないかは帯域に関係ありません。もし、パケットが前後した場合、UDPはそのまま渡しますが、TCPはまだ来ていない本来は前に届くはずのパケットを待ってからもう来てしまった本来は後になるパケットを処理します。なので、OSに渡されるタイミングはさらに順不同になります。保証されるのは一つのTCPセッション内での順番だけです。OSから見るとUDPや複数のTCPセッションが不連続になる場合があります。
さらにそこにVPNが間にあったりすると、VPN自体の処理速度などの影響もあり、断続的な通信になる場合があります。直接繋いだときと同じような連続性は得られないでしょう。
また、フレームサイズがオーバーしている可能性もあります。もしタグVLAN等を利用しているなら、途中の経路でタグVLANに対応していないところがある可能性があります。その場合、1500ちょうどぐらいのパケットだと、フレームサイズがオーバーして、そのパケットだけ分割または再送が求められ、そこの部分だけが遅延やロストします。
経路構成(ネットワーク機器や回線の種類)などがわかれば、もう少し詳しいところがわかるかも知れません。