vagrantで作成したVMでrails sできなくなった

問題点

vagrant上でrails sができなくなった。
また、aliasに設定したコマンドも実行できなくなった。

わからないこと

vagrantで作成したVM上でrailsで機能を作成しており、直前までrailsの起動ができていたのですが、一旦ターミナルを閉じて、再度開いてvagrant sshをしたところ、
railsの起動ができなくなっておりました。
また、aliasに設定したコマンドも実行できなくなりました。

エラー内容

-bash: rails: command not found

エラー内容を見るとコマンドが見つからないと出ます。
特に設定などを触っていないとは思うのですが、何か原因として考えられることはあるでしょうか？

試したこと

vagrant reloadやvagrant haltしてvagrant upをしてみたのですが、変化はありませんでした。

気になったこと

vagrant sshをした後に以前まで

こんな感じで緑色の文字だったのが

白色に代わったこと。

追記

~/.bash_profileは作っていないです。
~/.bashrcは下記のとおりです。
これらのファイルは問題が起こった際に編集などを行っていないです。

vagrant@vagrant:~$ cat ~/.bash_profile
vagrant@vagrant:~$ cat ~/.bashrc
# ~/.bashrc: executed by bash(1) for non-login shells.
# see /usr/share/doc/bash/examples/startup-files (in the package bash-doc)
# for examples

# If not running interactively, don't do anything
case $- in
    *i*) ;;
      *) return;;
esac

# don't put duplicate lines or lines starting with space in the history.
# See bash(1) for more options
HISTCONTROL=ignoreboth

# append to the history file, don't overwrite it
shopt -s histappend

# for setting history length see HISTSIZE and HISTFILESIZE in bash(1)
HISTSIZE=1000
HISTFILESIZE=2000

# check the window size after each command and, if necessary,
# update the values of LINES and COLUMNS.
shopt -s checkwinsize

# If set, the pattern "**" used in a pathname expansion context will
# match all files and zero or more directories and subdirectories.
#shopt -s globstar

# make less more friendly for non-text input files, see lesspipe(1)
[ -x /usr/bin/lesspipe ] && eval "$(SHELL=/bin/sh lesspipe)"

# set variable identifying the chroot you work in (used in the prompt below)
if [ -z "${debian_chroot:-}" ] && [ -r /etc/debian_chroot ]; then
    debian_chroot=$(cat /etc/debian_chroot)
fi

# set a fancy prompt (non-color, unless we know we "want" color)
case "$TERM" in
    xterm-color|*-256color) color_prompt=yes;;
esac

# uncomment for a colored prompt, if the terminal has the capability; turned
# off by default to not distract the user: the focus in a terminal window
# should be on the output of commands, not on the prompt
#force_color_prompt=yes

if [ -n "$force_color_prompt" ]; then
    if [ -x /usr/bin/tput ] && tput setaf 1 >&/dev/null; then
        # We have color support; assume it's compliant with Ecma-48
        # (ISO/IEC-6429). (Lack of such support is extremely rare, and such
        # a case would tend to support setf rather than setaf.)
        color_prompt=yes
    else
        color_prompt=
    fi
fi

if [ "$color_prompt" = yes ]; then
    PS1='${debian_chroot:+($debian_chroot)}[\033[01;32m]\u@\h[\033[00m]:[\033[01;34m]\w[\033[00m]$ '
else
    PS1='${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h:\w$ '
fi
unset color_prompt force_color_prompt

# If this is an xterm set the title to user@host:dir
case "$TERM" in
xterm*|rxvt*)
    PS1="[\e]0;${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h: \w\a]$PS1"
    ;;
*)
    ;;
esac

# enable color support of ls and also add handy aliases
if [ -x /usr/bin/dircolors ]; then
    test -r ~/.dircolors && eval "$(dircolors -b ~/.dircolors)" || eval "$(dircolors -b)"
    alias ls='ls --color=auto'
    #alias dir='dir --color=auto'
    #alias vdir='vdir --color=auto'

    alias grep='grep --color=auto'
    alias fgrep='fgrep --color=auto'
    alias egrep='egrep --color=auto'
fi

# colored GCC warnings and errors
#export GCC_COLORS='error=01;31:warning=01;35:note=01;36:caret=01;32:locus=01:quote=01'

# some more ls aliases
alias ll='ls -alF'
alias la='ls -A'
alias l='ls -CF'

# Add an "alert" alias for long running commands.  Use like so:
#   sleep 10; alert
alias alert='notify-send --urgency=low -i "$([ $? = 0 ] && echo terminal || echo error)" "$(history|tail -n1|sed -e '\''s/^\s*[0-9]+\s*//;s/[;&|]\s*alert$//'\'')"'

# Alias definitions.
# You may want to put all your additions into a separate file like
# ~/.bash_aliases, instead of adding them here directly.
# See /usr/share/doc/bash-doc/examples in the bash-doc package.

if [ -f ~/.bash_aliases ]; then
    . ~/.bash_aliases
fi

# enable programmable completion features (you don't need to enable
# this, if it's already enabled in /etc/bash.bashrc and /etc/profile
# sources /etc/bash.bashrc).
if ! shopt -oq posix; then
  if [ -f /usr/share/bash-completion/bash_completion ]; then
    . /usr/share/bash-completion/bash_completion
  elif [ -f /etc/bash_completion ]; then
    . /etc/bash_completion
  fi
fi

export PATH="$HOME/.rbenv/bin:$PATH"
eval "$(rbenv init -)"
export PATH="$HOME/.rbenv/plugins/ruby-build/bin:$PATH"

alias rails='bundle exec rails'
alias brs='bundle exec rails s -b 0.0.0.0'
alias brc='bundle exec rails c'
alias rake='bundle exec rake'