WARNING:pystan:DeprecationWarningの対処について

Question

前提・実現したいこと

以下添付するソース（Python)を実行すると以下の警告が表示されました。
import pystan
#import numpy as np
import pandas as pd
df = pd.read_csv("C:\Users\J0126252\Python\data9.csv")
model = """
data {
int<lower=1> N;
real X[N];
int<lower=0> y[N];
real xmean;
}

parameters {
real beta1;
real beta2;
}

model {

beta1 ~ normal(0, 100);
beta2 ~ normal(0, 100);


for (i in 1:N){
    y[i] ~ poisson_log(beta1 + beta2 * (X[i] - xmean));
}

}
"""
X = df.x
y = df.y
N = X.shape[0]
xmean = X.mean()

stan_data = {"N": N, "X": X, "y": y,"xmean":xmean}

iter_count= 1

chain_count = 1

warmup_count = 1

thin_count = 1

fit = pystan.stan(model_code=model,
data=stan_data,
iter=iter_count,
chains=chain_count,
thin=thin_count,
warmup=warmup_count)

発生している問題・エラーメッセージ

anaconda環境を使ってSpyderで実行させています。
ライブラリもanaconda　navigator で確認してもPystanは2.19しかインストールされていません、何がdeprecatedしているのかがわからず、どなたかご教示いただけないでしょうか。

WARNING:pystan:DeprecationWarning: pystan.stan was deprecated in version 2.17 and will be removed in version 3.0. Compile and use a Stan program in separate steps.
INFO:pystan:COMPILING THE C++ CODE FOR MODEL anon_model_1b078e46478b64ac77b332d283f9f96c NOW.

Answer 1

pystan.stanはVersion2.19より前の2.17から非推奨になっており、3.0になったら使用不可になるという警告です。
pystan.StanModelでモデルを定義して、StanModel.samplingでサンプリングをするのが新しい推奨方式です。
https://github.com/stan-dev/pystan/issues/546

Comments

[退会済みユーザー]

ThoughtKnotSeer様
ありがとうございました
もっと勉強いたします。