UbuntuでPythonのPATHが通らない？？

Question

背景

卒論のためにphonopyとphono3pyというPythonを利用した計算パッケージを利用します．
そこでUbuntuを入れることになりました．

計算の内容というよりはコンピュータの操作などでかなり困っています...

環境は下記の通りです．Macbook ProにVirtualBox上でUbuntuをインストールしました．

• macOS Mojave(バージョン 10.14.6)
• VirtualBox 6.0.4
• Ubuntu 18.04.3 LTS

またインストール方法に記載があったため，.bashrcの最後に以下の2行を書き足しています

export PYTHONPATH=~/.local/lib:$PYTHONPATH
export PATH=~/.local/bin:$PATH

※この書き方が違うサイトもあったのでそちらも試しましたがうまくいきませんでした
なお「echo $PATH」と打った結果は下記の通りです．

user1@user1:~$ echo $PATH
/home/user1/.local/lib/python2.7/site-packages/phonopy/file_IO.py:/home/user1/.local/lib/python2.7/site-packages/phonopy/file_IO.py:/home/user1/.local/lib/python2.7/site-packages/phonopy/interface/calculator.py:/home/user1/.local/bin/phonopy:/home/user1/.local/bin:/home/user1/.local/bin:/home/user1/.local/bin:/home/user1/.local/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin

問題点

tutorialに記載のように「phonopy -f vasprun.xml(※tutorialにはdisp-001/vasprun.xmlとある)」と打つと下記のように表示され，計算結果が求められません．．．

Traceback (most recent call last):
  File "/home/user1/.local/bin/phonopy", line 451, in <module>
    log_level=log_level)
  File "/home/user1/.local/lib/python2.7/site-packages/phonopy/interface/calculator.py", line 357, in create_FORCE_SETS
    return_cell=True)
  File "/home/user1/.local/lib/python2.7/site-packages/phonopy/file_IO.py", line 472, in parse_disp_yaml
    cell = get_cell_from_disp_yaml(dataset)
  File "/home/user1/.local/lib/python2.7/site-packages/phonopy/file_IO.py", line 536, in get_cell_from_disp_yaml
    positions = [x[pos_key] for x in dataset[data_key]]
KeyError: None

これはPATHが正しく通っていないということでしょうか？それとも全くの検討違いなのでしょうか?

またインストール方法に記載があったため，.bashrcの最後に以下の2行を書き足しています

と上で書いたものが誤っていたり，さらに書き足す必要があったりといったことが上のTracebackから読み取れるのか調べても分からず，「python3に対応したpip3(?)などで〇〇をインストールして〜」と書いてあるページもあり，python2.7で記述してある計算パッケージと相入れないのではないかと逡巡しています...

どうか教えていただきたいです！お願いします！

Comments

[yoorwm]

ディレクトリとファイルの区別はつきますか？
> /home/user1/.local/lib/python2.7/site-packages/phonopy/file_IO.py
PATHにこんなものが紛れていますが、これはディレクトリですか？
（たぶん、よく分からないで設定してしまったので、よく分からない事になっています。）

Answer 1

少なくともPATHは関係なさそうです。pythonやphonopyとやらの起動には成功しています。

File "/home/user1/.local/lib/python2.7/site-packages/phonopy/file_IO.py", line 536, in get_cell_from_disp_yaml

positions = [x[pos_key] for x in dataset[data_key]]

これはfil_IO.pyの536行の実行を試みて何かのトラブルが起きたということです。まずは536行で何が起こるはずだったのかを把握するところからでしょう。まず、画面上に現れた表示を流し読みするのではなく、ちゃんとチェックすることです。