サポートベクターマシンでグリッドサーチを実行するとエラーが...

Question

グリッドサーチを実行させると、エラーが発生します。
処理は正常に終了しているようなのですが、このエラーが気になります。。
無視しても大丈夫なのでしょうか？

お詳しい方、ご指導をお願いいたします。

from sklearn.svm import SVC
from sklearn.model_selection import GridSearchCV
param_grid = {'C': [0.1, 1, 10, 100, 1000],  
              'gamma': [1, 0.1, 0.01, 0.001, 0.0001], 
              'kernel': ['rbf']}
             #'kernel': ['linear']}
clf = GridSearchCV(SVC(), param_grid, refit = True, verbose = 3)

# 訓練データとラベルで学習
clf.fit(x_train, y_train)

# 最も良いパラメータとスコア
print(clf.best_params_) 
print(clf.best_score_)

C:\python\anaconda\pgm\lib\site-packages\sklearn\utils\validation.py:724: DataConversionWarning: A column-vector y was passed when a 1d array was expected. Please change the shape of y to (n_samples, ), for example using ravel().
  y = column_or_1d(y, warn=True)
C:\python\anaconda\pgm\lib\site-packages\sklearn\utils\validation.py:724: DataConversionWarning: A column-vector y was passed when a 1d array was expected. Please change the shape of y to (n_samples, ), for example using ravel().
  y = column_or_1d(y, warn=True)
C:\python\anaconda\pgm\lib\site-packages\sklearn\utils\validation.py:724: DataConversionWarning: A column-vector y was passed when a 1d array was expected. Please change the shape of y to (n_samples, ), for example using ravel().
  y = column_or_1d(y, warn=True)
C:\python\anaconda\pgm\lib\site-packages\sklearn\utils\validation.py:724: DataConversionWarning: A column-vector y was passed when a 1d array was expected. Please change the shape of y to (n_samples, ), for example using ravel().
  y = column_or_1d(y, warn=True)

[CV] .... C=1000, gamma=0.0001, kernel=rbf, score=0.646, total=   0.0s
[CV] C=1000, gamma=0.0001, kernel=rbf ................................
[CV] .... C=1000, gamma=0.0001, kernel=rbf, score=0.585, total=   0.0s
{'C': 1000, 'gamma': 1, 'kernel': 'rbf'}
0.7097902097902098
C:\python\anaconda\pgm\lib\site-packages\sklearn\utils\validation.py:724: DataConversionWarning: A column-vector y was passed when a 1d array was expected. Please change the shape of y to (n_samples, ), for example using ravel().
  y = column_or_1d(y, warn=True)
C:\python\anaconda\pgm\lib\site-packages\sklearn\utils\validation.py:724: DataConversionWarning: A column-vector y was passed when a 1d array was expected. Please change the shape of y to (n_samples, ), for example using ravel().
  y = column_or_1d(y, warn=True)
C:\python\anaconda\pgm\lib\site-packages\sklearn\utils\validation.py:724: DataConversionWarning: A column-vector y was passed when a 1d array was expected. Please change the shape of y to (n_samples, ), for example using ravel().
  y = column_or_1d(y, warn=True)

Answer 1

メッセージを読んで下さい。

DataConversionWarning: A column-vector y was passed when a 1d array was expected. Please change the shape of y to (n_samples, ), for example using ravel()

訳：1次元配列が予期されていたにも関わらず、列ベクトルのyが渡されました。たとえばravel()を用いるなどして、shapeを(n_samples, )に変更してください。

y_trainが何なのかは知りませんが、事前にreshapeするなどしてメッセージの通りに変換しておいてください。

---

Warningは警告ですから、エラー（例外）ではありません。
ワーニングとは｜「分かりそう」で「分からない」でも「分かった」気になれるIT用語辞典

Comments

[python_2019]

ご指導、どうもありがとうございます。

配列の指定が必要という点について理解できました。

reshapeの指定方法をネットで調べると、
「b = np.reshape(a, (3, 4)) # 3×4の２次元配列に変形」
と書かれていました。

y_trainは、1列のみの正解データ（0,1)なので、これを2次元配列に変換するということでよいのでしょうか？
具体的な指定方法がよくわからなくて...
勉強不足で申し訳ありません。
何かヒントだけでも頂戴できればありがたいです。

それから、エラーメッセージの「DataConversionWarning」は、警告かと思われますが、このエラーメッセージが発生している状態で、処理を進めることに問題はありますでしょうか？
エラーメッセージの対処については、今から勉強してなんとかしたいと考えておりますが、とりあえず、警告だけで済むなら、先に進めたいと思っております。

アドバイスを頂ければ大変助かります。
どうぞよろしくお願いいたします。

[hayataka2049]

y_trainのshapeは(1, n_samples)などになっていると思いますが、これを(n_samples, )にしてください。
警告の無視はおすすめしません。

[python_2019]

ご指導、ありがとうございます。

警告が出ないようにもう少し頑張ります。

今、以下のようなコードを記述して、その結果を得ました。

a = np.array(y_train)
a.shape

(480, 1)

これを、お教え頂いた、(n_samples, )のようにするにはどのようにすればよいでしょうか？
a.shape(480, )　と記述してもエラーになってしまいます。

非常に基本的な事を、何度もお聞きして申し訳ございません。
どうぞよろしくお願いいたします。

[hayataka2049]

あ、(n_samples, 1)だった。
y_train = np.array(y_train).ravel()
か
y_train = np.array(y_train).flatten()
か
y_train = np.array(y_train).reshape(-1)
か
のどれかでやってください。

[python_2019]

ご指導ありがとうございます。

y_train = np.array(y_train).ravel()
で実行すると、「DataConversionWarning」がなくなり、警告メッセージがかなり減りました。
助かりました。

しかし、以下のようなメッセージが新たに出てくるのですが、これはもう、どうしようもないのでしょうか？

C:\python\anaconda\pgm\lib\site-packages\sklearn\model_selection\_split.py:1978: FutureWarning: The default value of cv will change from 3 to 5 in version 0.22. Specify it explicitly to silence this warning.
warnings.warn(CV_WARNING, FutureWarning)

[hayataka2049]

GridSearchCVにcvってパラメータがあるので、明示的に指定してあげてください。たしかそれで良かったと思うんですが。
https://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.model_selection.GridSearchCV.html

[python_2019]

clf = GridSearchCV(SVC(), param_grid, refit = True, verbose = 0, cv=3)
で、明示的に指定すると、警告がなくなりました！うれしいです！

最後まで面倒を見ていただき、本当にありがとうございました。