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wslでのpython、Anaconda、GPUの設定

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いつも勉強させていただいてます。

ChainerのDeep learningをしようと思い、
GeForce 1050ti
CUDA10.1
の設定済みパソコンにWSLのUbuntuを導入しました。
WSLにインストールしたPythonプログラムをiPythonで操作し、
Chainerの計算にGPUを使用したいと思っています。

In [6]: chainer.print_runtime_info()
Platform: Windows-10-10.0.18362
Chainer: 6.3.0
NumPy: 1.15.4
CuPy:
  CuPy Version          : 6.3.0
  CUDA Root             : C:\Program Files\NVIDIA GPU Computing Toolkit\CUDA\v10.1
  CUDA Build Version    : 10010
  CUDA Driver Version   : 10010
  CUDA Runtime Version  : 10010
  cuDNN Build Version   : 7500
  cuDNN Version         : 7500
  NCCL Build Version    : None
  NCCL Runtime Version  : None
iDeep: Not Available


上記の様にWindowsに入れたAnacondaでは設定できているのが確認できています。

次にWSLをUbuntuで起動し、/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/にあるプログラムを
iPythonで呼び出すとimportできました。

https://sekailab.com/wp/2019/03/10/execute-windows-binary-on-wsl/
のサイトのように

vi .bashrcに以下を追記しました:
alias conda="conda.exe"
alias python="python.exe"
alias ipython="ipython.exe"
alias nosetests="nosetests.exe"
alias pip="pip.exe"

そしてコマンドプロンプトからWSLコマンドでWSLを起動するとWSLのディレクトリが確認できますがiPythonを実行するとWindowsのAnacondaが呼び出されるため、WSLの/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/のプログラムが実行できません。


枠内のようにUbuntuでWSLを呼び出しWSLのipythonで/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/PyRosettaにあるpyrosettaモジュールをインポートでき、枠外のようにコマンドプロンプトからWindowsのipythonでC:Anaconda2\envs'py27\Lib\site-packages\にあるchainer,cupyをインポートできました。しかし、コメント頂いたようにCupyを使うためにWSLのAlias ipython='ipython.exe'にすると棒矢印のようにWindowsのipythonが呼び出されるのでPyrosettaがインポートできません。パスを通してもWSLのディレクトリはWSL経由でないと呼び出せないとのことなので。WindowsでipythonからPyrosetta,chainer,cupyをインポートするにはどうしたらいいのでしょうか。

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回答 2

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from distutils import log
ImportError: cannot import name 'log'

とあるので、distutilsが無いのかも知れませんね。distutilsはsetuptoolsに置き換わっているようです。
distutils --- Python モジュールの構築とインストール

distutils又はsetuptoolsはpython3環境にインストールされているのでしょうか?

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  • 2019/09/23 14:33

    python3の環境でsetuptoolsをインストールし、無事にPython3.6 verのPyrosettaをインストールできました。Python3での利用は諦めていましたが、ChainerもPython3で使えます。ありがとうございました。
    こんなに付き合っていただいて申し訳ないのですが、図に追記したように当方の環境でPyrosetta, cupy, chainerをIpythonでimportして使う方法を教えていただけませんでしょうか。

    キャンセル

  • 2019/09/23 14:55

    コードを見せてください。

    キャンセル

  • 2019/09/23 15:55

    from pyrosetta import *
    pyrosetta.init()

    class Pyrosetta:
    def Module1:
    .
    ,
    ,
    ,
    ,
    ,
    ,


    def Module 2:
    .
    .
    .
    .
    .

    if __name__ == "__main__":

    out = main()

    このようなPyrosetta.pyをWSLに置いてWindows10側からwsl Pyrosetta.pyで呼び出せばPyrosettaを使える気がしてきました。
    ひとます、WSL側のIpythonでPyrosetta.pyを作り、Chainer用のプログラムをWindows側のIpythonで書いてみます。
    ありがとうございました。

    キャンセル

0

WSLを介さずに素直にWindowsで動かせばどうでしょうか?

Chainerのインストール方法をわかりやすく解説|Mac・Linux・Windows

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  • 2019/09/23 05:13

    >sudo python setup.py install
    >の段階で上手くいかないようです。
    上手くいかないとはsetupでエラーになるのですか?
    エラーメッセージはなんと出ますか?

    >WindowsのAnacondaが呼び出されるため、WSLの/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/のプログラムが実行できません。
    これは
    >alias python="python.exe"
    としているので、windowsのバイナリが起動されるのが正しいと思います。

    「/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/のプログラム」とは何者ですか?このディレクトリに自分で書いたpyファイルがあるのですか?

    キャンセル

  • 2019/09/23 13:01

    python3でsetup.pyしてみたところ以下のエラーになりました。
    root@LAPTOP:/mnt/f/PyRosetta4.Release.python36.linux.release-232/setup# python3 setup.py install
    Traceback (most recent call last):
    File "setup.py", line 11, in <module>
    import ez_setup
    File "/mnt/f/PyRosetta4.Release.python36.linux.release-232/setup/ez_setup.py", line 24, in <module>
    from distutils import log
    ImportError: cannot import name 'log'

    python setup.py installでpython3.6用のpyrosetta packageをインストールするとエラーなくインストール完了するのですが、いざインポートしようとすると以下の様になります。/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/にインストールされpythonのバージョン違いの性だと思います。
    In [1]: import pyrosetta
    ---------------------------------------------------------------------------
    ImportError Traceback (most recent call last)
    <ipython-input-1-f9c2792dfaa8> in <module>()
    ----> 1 import pyrosetta

    /mnt/f/PyRosetta4.Release.python36.linux.release-232/setup/pyrosetta/__init__.py in <module>()
    13 import os, sys
    14
    ---> 15 import pyrosetta.rosetta as rosetta
    16 import pyrosetta.bindings
    17 import pyrosetta.protocols

    ImportError: pyrosetta/rosetta.so: undefined symbol: PyInstanceMethod_Type

    手こずりながらも何とかchainerもpython2でインポートできているようなので、ひとまずpython2バージョンのpyrosettaでもいいのですが、GPUを使うところで躓いています。やりたいことと現状を図にしてみましたので、解決策を教えていただけるとありがたいです。

    キャンセル

  • 2019/09/23 13:17

    図を拝見しましたがよく意味がわかりませんでした。

    ソースを実行してエラーが出るのであれば、ソースとエラーメッセージをご提示ください。

    キャンセル

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