Filezillaでのfunction.phpのバックアップファイルとメモ帳でBOMが付くタイミング

初心者です。

ワードプレスのテーマをFilezillaにてバックアップファイルをとった（ローカルにドラッグ）あと、Filezillaを閉じてデスクトップでそのファイルを確認しました。

すると、そのファイルはWindowsの「メモ帳」で開かれてしまいました。
メモ帳というと、BOMが付くというイメージがあります。

これはBOMがついているのか、またはついていないのか、そもそもどのタイミングでつくのか教えてほしいです。

以下、パターン。

１、デスクトップ上にてメモ帳で開かれたということは、Filazillaでサーバーからローカルにコピーされた時点で既にBOM付きになっている。
ということは、そのバックアップファイルをローカル上で一切開かずともに、Filezilla画面でローカルからサーバーにドラッグして上書きしたらワードプレスは真っ白になってしまう。

２、ローカルにコピーされた時点ではBOM付きではなく、デスクトップで開かれた（メモ帳で）時点でBOM付きになる。

３、ローカルにコピーされた時点、メモ帳で開かれた時点ではついておらず、そこからメモ帳で上書き保存した時点でBOMが付く。

いったいどのタイミングで付くのでしょうか？

Filezilla上での編集はサクラエディタで開くようにできたのですが、上記のような不安要素があり、ローカルに移した瞬間、また、移した後にローカルで編集したいときはどのようにすればよいのか分かりません。

初心者で分かりにくい聞き方ですみませんが、よろしくお願いします。