Bootstrapのテンプレートで、jsファイル読み込みがbody要素の最後である理由

こんにちは。お世話になっております。
初心者的質問で恐れ入ります。
###質問
Bootstrap 公式ページの Getting started に "Basic template"が掲載されています。

http://getbootstrap.com/getting-started/

(引用)

html
1<!DOCTYPE html>
2<html lang="en">
3  <head>
4...
5    <!-- Bootstrap -->
6    <link href="css/bootstrap.min.css" rel="stylesheet">
7...
8    <!--[if lt IE 9]>
9      <script src="https://oss.maxcdn.com/html5shiv/3.7.2/html5shiv.min.js"></script>
10      <script src="https://oss.maxcdn.com/respond/1.4.2/respond.min.js"></script>
11    <![endif]-->
12  </head>
13  <body>
14...
15    <!-- jQuery (necessary for Bootstrap's JavaScript plugins) -->
16    <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.11.3/jquery.min.js"></script>
17    <!-- Include all compiled plugins (below), or include individual files as needed -->
18    <script src="js/bootstrap.min.js"></script>
19  </body>
20</html>

jQuery や Bootstrap を読み込む script タグが body 要素の最後に記載されていますが、この script 要素を head 要素内ではなく、この位置に記載している理由はどのようなことからなのでしょうか？
###課題
jQuery-Validation-Engine プラグインを導入したいのですが、こちらでは jQuery を head 要素内に記載してあり、そのようにしないとこのプラグインは動作しません。このとおりに head 要素内に記載した場合、Bootstrap の動作に何か悪影響があったりするものでしょうか？
http://www.position-relative.net/creation/formValidator/ (https://github.com/posabsolute/jQuery-Validation-Engine)

(引用)

html
1<!DOCTYPE html>
2<html>
3<head>
4...
5	<link rel="stylesheet" href="../css/validationEngine.jquery.css" type="text/css"/>
6	<link rel="stylesheet" href="../css/template.css" type="text/css"/>
7	<script src="../js/jquery-1.6.min.js" type="text/javascript">
8	</script>
9	<script src="../js/languages/jquery.validationEngine-en.js" type="text/javascript" charset="utf-8">
10	</script>
11	<script src="../js/jquery.validationEngine.js" type="text/javascript" charset="utf-8">
12	</script>
13
14	<link rel="stylesheet" href="http://jqueryui.com/themes/base/jquery.ui.all.css">
15	<script src="http://jqueryui.com/ui/jquery.ui.core.js"></script>
16	<script src="http://jqueryui.com/ui/jquery.ui.widget.js"></script>
17
18	<script src="http://jqueryui.com/ui/jquery.ui.datepicker.js"></script>
19	<script>
20		jQuery(document).ready(function(){
21...
22		});
23	</script>
24</head>
25<body>
26...
27</body>
28</html>