GPOの適用について

Question

前提・実現したいこと

IE8→IE11のバージョンアップ。GPOで設定している項目がIE11でも同じように反映していることを確認する。
その際、ポリシーがあたっていないのにも関わらずユーザー毎で設定が違う箇所があり、どこが原因かを特定したいです。

発生している問題・エラーメッセージ

インターネットオプション→セキュリティタブ→信頼済みサイト→レベルのカスタマイズの設定項目で
ある項目があるユーザーは「有効」、一部のユーザーは「ダイアログを表示」となっていた。

IE8の頃GPOでユーザーの構成→基本設定→Windowsの設定→コントロールパネルの設定→インターネット設定で設定内容を指定していました。
IE11ではこの情報が反映されないことが調べてわかったので、ポリシーがあたらずどのユーザーも上記のある項目は「ダイアログを表示」になるものと思っていましたが結果は上記の通りユーザー毎に違っていました。

試したこと

・他にその項目の設定をしているポリシーはありませんでした。GPRESULTで現在当たっているポリシー等は確認しました。
・ユーザーのプロファイルを消して見て結果が変わるか確認しました→変わらず

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

AD,GPO(WindowsServer2008R2)

端末：windows7(IE11に変更)

よろしくお願いします。