cygwinパッケージ gnupackでコマンドが見つからなくなった（実行できない）

前提・実現したいこと

cygwinパッケージの gnupackのターミナルで特定のコマンド（make, perl, ruby, dvipdfmx など）を実行したいのですが Failure (retv = 127) と返ってきて、実行が失敗します。調べた限りでは、「コマンドが見つかっていない状態」なので実行に失敗しているようですが、その状態が実際に何を意味しているのかわかりません。which でコマンドへのパスは見つかっているのに、実行できないことが、「コマンドが見つかっていない状態」になるのが理解できていません。

コマンドが見つかっていない状態を解決して、コマンドを再び実行できるようにするための、何か手掛かりを教えていただけませんか？

発生している問題・エラーメッセージ

gnupack ターミナルでのコマンドライン実行結果です。

# make
Failure (retv = 127)
# ls -l /usr/bin/make
-rwxrwx---+ 1 username None 199197 2月  16  2015 /usr/bin/make*
Success (retv = 0)
# ls /usr/bin/ls -l
-rwxrwx---+ 1 username None 127517 8月  27  2015 /usr/bin/ls*
Success (retv = 0)
# perl -v
Failure (retv = 127)
# which perl
/usr/bin/perl
Success (retv = 0)
# /usr/bin/perl -v
Failure (retv = 127)

同様の例が https://mevius.5ch.net/test/read.cgi/tech/1411399211/333 で報告されています。

試したこと

retvは .bashrc の中の PS1で設定している $? の値（最後に実行されたフォアグラウンドプロセスの終了ステータスに展開される値）として表示されていました。
https://manual.atmark-techno.com/armadillo-guide/armadillo-guide-2_ja-1.0.0/ch05.html
その値が127なら、それはコマンドが見つからなかった場合の終了ステータスなので、コマンドが見つかっていないことを意味する、まで調べたところでいきづまりました。