わたしもIT学習歴半年とすこしの初心者なので、参考にならないと思ったらこの回答は無視してくださって構いません。
フロントエンドエンジニアを目指されているという所を重視して回答させていただきます。
jQueryを学ばずにReactのみを学ぶことで必要十分なスキルが身につくか。
jQueryを使用しない会社で働くのであれば問題ないと思いますが、現実的ではないかと思います。
jQueryが小規模なWEBサイトの作成を得意とする反面、
Reactは、アプリケーションのような複雑な挙動をするWEBサービスの作成が得意です。
(その中間に位置するのがVue.jsという認識です。)
jQueryの強みは、DOMを操作するJavaScriptを省略して書けることや、導入が容易であることです。
Reactの強みは、ロジックとDOMを連動させることや、まとまった機能郡をひとつのコンポーネントにまとめておけることです。
つまり、Reactを使うからといってjQueryが不要になるわけではない反面、
React向きの制作物だからと言って、現状jQueryで作成されているものをReactで作り直す場合、多大な労力が必要になるので、現状jQueryを使用せずにReactのみを使用している会社というのは少数派かと思います。
が、実際何を使ってるかは会社次第なので、どこで働くか決まっているのであれば、そこに聞いてみるのが一番ですけどね。
Webサイトの動きを付けるための学習方法としてではなく、
JavaScriptを使うロジック構築の学習としてであれば、Reactのみでも十分有効かと思います。
ES5の知識を付ける時間を割くべきか。
ES6とES5の違いとか、ES6で新しく実装された部分についての解説記事を、数時間ググってみるだけで十分だと思います。
というより、ES5の知識を付けるっていっても、それって結局沢山のコードを読んでみるしかないので、そういうのは実務ではいくらでもできますが、独学だと難しいと思います。
そもそも、とりあえず手を動かしてみて必要な知識(JS)を適宜学んでいく方法は、Progateで初歩を学んだ次の学習段階として適切かどうか。
適切だと思います。
まずProgateで学習し、レッスンを終えたら実際になにかをつくってみる、というのは理想的な行程です。
Progateで触れない知識は、とても膨大にありますが、膨大にある分、全てを知ることはまず不可能です。
それでも、まず必要になってくるであろう知識とかは、制作の行程で身につくと思います。
あとは、どんなにプロフェッショナルの方でも、Google片手に仕事を進めるのは当然なので、その感覚は身につけておいたほうがいいです。
最後に
「ProgateでJavaScryptやReactの学習を全て終わらせた」とありますが、ProgateのReactのコースができたのって最近ですので、多分コースとして未完成だと思います。
(私も数ヶ月前からReactを始めたのですが、その頃にはレッスン1しかなかったですよ。)
未完成のコースの、現状できてる部分だけ学ぶっていうのは相当危険だと思うので、まずは公式ドキュメントを読んでみることをおすすめします。
といっても公式ドキュメントは英語なので、翻訳してくれてるQiita記事などから入ってみてはいかがでしょうか。
Reactの制作物を制作するには、まずReactの実行環境が必要になってくるのですが、そのへんはややこしいので
create react appを使用することをおすすめします。
詳しくはググってください。
初心者同士、頑張りましょうね!