とりあえず、uiautomationとpyperclipがあれば実行できる、ということであれば、コマンドプロンプトから呼べるpythonでこの2つを導入してしまう、という手が考えられます。
python -m pip install pyperclip
python -m pip install uiautomation
(管理者権限が要るかも。あと、uiautomationは本当にこれで合っているかどうか確証がありません。上の手順で入れると https://pypi.org/project/uiautomation/ のライブラリが入ります。
更に、pythonコマンドで適当なものが起動する保証はまったくない(python2とかを別に入れていればそっちかもしれない)ので、先にpython -V
やwhere python
コマンドなどで使いたいものと大きく外れていないことを確認しておいてください)
visualstudioでパッケージをインストールする際、あるいは使うpythonを選ぶ際に、どこにあるものを使うかを選んだと思います。
一つのシステムに複数のpython環境を導入するということが、pythonでは簡単にできます。更に、仮想環境という便利なものを使ってパッケージごとなどに環境を管理する、ということもできます。
それはそれでいいことなんだけど、コマンドプロンプトでパスが通っているpythonコマンドのあずかり知らぬところに入れられてしまうと、当然importが通らなくなったりします。意識的に管理するようにしないと、それが原因でハマります。