R言語上での自動多重比較、検定の実施

Question

前提・実現したいこと

R言語上での自動多重検定の実施。
7群の正規性を確認するためにShapiro-Wilk 検定を使って各群を検定したいです。
しかし、ひとつひとつ検定するととても時間がかかるのでfor文などを利用して一度にすべての群間を検定したいと考えています。

発生している問題・

他の言語の場合、群のデータを一次元配列に入れてfor文で各群ごとに代入すれば済む話です。
しかし、R言語の場合そのやり方では難しいようなのでどうかければよいのかを教えて下さい。
コードを貼って示して頂けるとありがたいです。

該当のソースコード

#各群のデータ
v1=c(6.22916667,3.2675,3.47333333,2.91,5.9425,4.99916667,7.8775,5.975,6.13666667)
v2=c(4.7025,4.42916667,3.19833333,2.92,5.1425,5.1775,6.03333333,5.4175,5.51583333)
v3=c(4.17916667,3.87583333,3.15333333,3.28916667,5.33166667,4.08583333,5.97416667,4.81416667,7.11833333)
v4=c(5.06416667,3.53083333,4.28833333,3.99583333,5.32666667,4.40916667,5.99666667,5.83333333,5.8825)
v5=c(5.9625,4.0575,3.97166667,3.535,5.62333333,4.18333333,6.37833333,5.7075,5.38666667)
v6=c(5.48666667,4.64166667,4.61583333,4.10833333,4.6875,4.315,6.58666667,4.98833333,5.715)
v7=c(6.195,5.01,4.7,5.18416667,5.22416667,4.43916667,7.5625,6.925,5.72166667)

#Shapiro-Wilk検定
#xとyにはv1やv2などの各群の変数名が代入される
shapiro.test(sort(x)-sort(y))

###エラーメッセージ

Error in sort(x) - sort(y) : non-numeric argument to binary operator

試したこと

#各群のデータ
#Shapiro-Wilk 検定（正規性検定）
v1=c(6.22916667,3.2675,3.47333333,2.91,5.9425,4.99916667,7.8775,5.975,6.13666667)
v2=c(4.7025,4.42916667,3.19833333,2.92,5.1425,5.1775,6.03333333,5.4175,5.51583333)
v3=c(4.17916667,3.87583333,3.15333333,3.28916667,5.33166667,4.08583333,5.97416667,4.81416667,7.11833333)
v4=c(5.06416667,3.53083333,4.28833333,3.99583333,5.32666667,4.40916667,5.99666667,5.83333333,5.8825)
v5=c(5.9625,4.0575,3.97166667,3.535,5.62333333,4.18333333,6.37833333,5.7075,5.38666667)
v6=c(5.48666667,4.64166667,4.61583333,4.10833333,4.6875,4.315,6.58666667,4.98833333,5.715)
v7=c(6.195,5.01,4.7,5.18416667,5.22416667,4.43916667,7.5625,6.925,5.72166667)

#代入処理
for (i in 1:7) {
  for (j in 1:7) {
    x <- paste("v",i)
    y <- paste("v",j)
    shapiro.test(sort(x)-sort(y))
  }
}          

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

R Studio
R言語

Comments

[KojiDoi]

sort(x)-sort(y)　これは何をしたいのでしょうか？

[Leader731]

統計学の話になりますが、今回は対応ありのデータなので群間の差を取って、その差の値の正規性の検定をする必要があるのです。そのために2群の値を昇順にソートして差をとっています。

[KojiDoi]

これでは"v 1”とかいう文字列を「ソート」することにしかなりませんね。

Answer 1

テストしてませんが、多分こんな感じでしょう。リストの使い方をしかと理解してください。

v <- list(
 c(6.22916667,3.2675,3.47333333,2.91,5.9425,4.99916667,7.8775,5.975,6.13666667),
 c(4.7025,4.42916667,3.19833333,2.92,5.1425,5.1775,6.03333333,5.4175,5.51583333),
 c(4.17916667,3.87583333,3.15333333,3.28916667,5.33166667,4.08583333,5.97416667,4.81416667,7.11833333),
 c(5.06416667,3.53083333,4.28833333,3.99583333,5.32666667,4.40916667,5.99666667,5.83333333,5.8825),
 c(5.9625,4.0575,3.97166667,3.535,5.62333333,4.18333333,6.37833333,5.7075,5.38666667),
 c(5.48666667,4.64166667,4.61583333,4.10833333,4.6875,4.315,6.58666667,4.98833333,5.715),
 c(6.195,5.01,4.7,5.18416667,5.22416667,4.43916667,7.5625,6.925,5.72166667)
)

for (i in 1:6) {
  for (j in i+1:7) {
    shapiro.test(sort(v[[i]])-sort(v[[j]]))
  }
}          

Comments

[Leader731]

ご返信有難うございます。

```R
for (i in 1:6) {
for (j in i+1:7) {
shapiro.test(sort(v[[i]])-sort(v[[j]]))
}
}
```

上記のコードだと
```R
Error in v[[j]] : subscript out of bounds
```

となるので
```R
for (i in 1:7) {
for (j in 1:7) {
shapiro.test(sort(v[[i]])-sort(v[[j]]))
}
}
```
に書き換えました。
すると今度は
```R
Error in shapiro.test(sort(v[[i]]) - sort(v[[j]])) :
all 'x' values are identical
```
というエラーが出ます。
ググりましたが今ひとつ原因が分かりません。

[KojiDoi]

> subscript out of bounds
計算の優先順位の問題です。カッコが必要でしたね。(i+1):7のようにしてください。

> all 'x' values are identical
i=1, j=1のときにsort(x[[i]])-sort(y[[j]])がどうなるか考えれば、原因は明らかです。これぐらいのデバッグはできるようにしましょう。