わからないこと
Tukey-kramerによる多重比較法を Python で実施したいのですが、その結果について理解できない部分があります。
Tukey-kramer で参考図書『入門 統計学(オーム社)』を元に、計算によって求めた結果と、statsmodels の pairwise_tukeyhsd を使って求めた結果の q値の桁が1桁違ってきます。
これはどちらが正しいのか、どうしてこのような違いが出てくるのか統計に詳しい方教えてください。
元データ
添加物なし | 添加物A | 添加物B | 添加物C |
---|---|---|---|
490.0 | 510.0 | 530.0 | 510.0 |
490.0 | 500.0 | 510.0 | 540.0 |
480.0 | 520.0 | 500.0 | 530.0 |
3頭の牛にそれぞれ、添加物を与えた場合の成長具合の違いについて Tukey-kramer によって多重比較したいです。
これらの牛はそれぞれ独立していて、対応はありません。
Python による計算で求めた結果
python
1import numpy as np 2 3us = np.array([ 4 [490.0,490.0,480.0], 5 [510.0,500.0,520.0], 6 [530.0,510.0,500.0], 7 [510.0,540.0,530.0] 8]) 9 10from math import sqrt 11 12q = (us[0].mean() - us[1].mean()) / sqrt(g_var*((1/3+1/3))) 13print("添加物なし=添加物A q値:", q) 14 15q = (us[0].mean() - us[2].mean()) / sqrt(g_var*((1/3+1/3))) 16print("添加物なし=添加物B q値:", q) 17 18q = (us[0].mean() - us[3].mean()) / sqrt(g_var*((1/3+1/3))) 19print("添加物なし=添加物C q値:", q) 20 21q = (us[1].mean() - us[2].mean()) / sqrt(g_var*((1/3+1/3))) 22print("添加物A=添加物B q値:", q) 23 24q = (us[1].mean() - us[3].mean()) / sqrt(g_var*((1/3+1/3))) 25print("添加物A=添加物B q値:", q) 26 27q = (us[2].mean() - us[3].mean()) / sqrt(g_var*((1/3+1/3))) 28print("添加物B=添加物C q値:", q)
添加物なし=添加物A q値: -2.333333333333326 添加物なし=添加物B q値: -2.6666666666666625 添加物なし=添加物C q値: -3.999999999999985 添加物A=添加物B q値: -0.33333333333333637 添加物A=添加物B q値: -1.666666666666659 添加物B=添加物C q値: -1.3333333333333226
statsmodels で求めた結果
python
1from statsmodels.stats.multicomp import pairwise_tukeyhsd 2 3u = us.reshape(1,12) 4label = np.array(['添加物なし', '添加物A', '添加物B', '添加物C']) 5labels = label.repeat(3) 6print(pairwise_tukeyhsd(u[0], labels))
Multiple Comparison of Means - Tukey HSD,FWER=0.05 ============================================== group1 group2 meandiff lower upper reject ---------------------------------------------- 添加物A 添加物B 3.3333 -28.6935 35.3601 False 添加物A 添加物C 16.6667 -15.3601 48.6935 False 添加物A 添加物なし -23.3333 -55.3601 8.6935 False 添加物B 添加物C 13.3333 -18.6935 45.3601 False 添加物B 添加物なし -26.6667 -58.6935 5.3601 False 添加物C 添加物なし -40.0 -72.0268 -7.9732 True ----------------------------------------------
先ほどの計算で求めた q値とmeandiff が対応していると思うのですが、meandiffのほうが 10倍大きくなります。
スチューデント化された範囲の q分布表は、計算によって求めた q値のほうがしっくりきます。
よろしくお願いします。
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2019/06/13 08:41