jsファイルを読み込む場合 application.js と config/initializers/assets.rb のどちらがいいのでしょうか？

Question

railsの開発プロジェクトにこれまでいくつか携わってきましたが、
プロジェクトによってjavascriptの読み込みを指定する方法が異なります。

私が知る限りでは、大きく2つにわかれました。

・config/initializers/assets.rbの
Rails.application.config.assets.precompile
に記述していくやり方

・app/assets/javascripts/application.jsに記述していくやり方

また外部のjavascriptを格納するファイルディレクトリもプロジェクト毎に違う気がします。

・app/assets/javascripts/vendorに入れるやり方
・vendor/assets/javascripts/に入れるやり方

これまでは、そのプロジェクトに合わせた記述方法で対処してましたが、
ふと、それぞれのメリット、デメリットを調べていたのですが、
よくわかりませんでした。（あまり参考になる文献がありませんでした）

どなたかおわかりの方はいらっしゃいますでしょうか？

宜しくお願いします。