質問をすることでしか得られない、回答やアドバイスがある。

15分調べてもわからないことは、質問しよう!

ただいまの
回答率

88.77%

重複した番号の中から、同じ番号ごとにカウントして数を数える

解決済

回答 2

投稿 編集

  • 評価
  • クリップ 0
  • VIEW 242

yourhouse778

score 13

前提・実現したいこと

ここに質問の内容を詳しく書いてください。
a[0]= 1 1 1 1 1 2 2 2 2 ・・・・22 22 22 X X X ・・Y Y Y・・MT MT MTとします。
ここから、同じ番号ごとに何個あるかをカウントしたいです。また、数字だけではなく、文字も含まれているのでどうすれば良いか困っています。

発生している問題・エラーメッセージ

エラーメッセージ

該当のソースコード

import sys
import os

with open('test.vcf','r') as file:
lines = file.read().split('\n')
for line in lines:
a = line.split('\t')
CHR = a[0]

python

試したこと

文字(XやYやMT)を別の数字に置き換えようとしましたが、エラーでname 'X' is not
defined となりました。

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

ここにより詳細な情報を記載してください。

  • 気になる質問をクリップする

    クリップした質問は、後からいつでもマイページで確認できます。

    またクリップした質問に回答があった際、通知やメールを受け取ることができます。

    クリップを取り消します

  • 良い質問の評価を上げる

    以下のような質問は評価を上げましょう

    • 質問内容が明確
    • 自分も答えを知りたい
    • 質問者以外のユーザにも役立つ

    評価が高い質問は、TOPページの「注目」タブのフィードに表示されやすくなります。

    質問の評価を上げたことを取り消します

  • 評価を下げられる数の上限に達しました

    評価を下げることができません

    • 1日5回まで評価を下げられます
    • 1日に1ユーザに対して2回まで評価を下げられます

    質問の評価を下げる

    teratailでは下記のような質問を「具体的に困っていることがない質問」、「サイトポリシーに違反する質問」と定義し、推奨していません。

    • プログラミングに関係のない質問
    • やってほしいことだけを記載した丸投げの質問
    • 問題・課題が含まれていない質問
    • 意図的に内容が抹消された質問
    • 過去に投稿した質問と同じ内容の質問
    • 広告と受け取られるような投稿

    評価が下がると、TOPページの「アクティブ」「注目」タブのフィードに表示されにくくなります。

    質問の評価を下げたことを取り消します

    この機能は開放されていません

    評価を下げる条件を満たしてません

    評価を下げる理由を選択してください

    詳細な説明はこちら

    上記に当てはまらず、質問内容が明確になっていない質問には「情報の追加・修正依頼」機能からコメントをしてください。

    質問の評価を下げる機能の利用条件

    この機能を利用するためには、以下の事項を行う必要があります。

質問への追記・修正、ベストアンサー選択の依頼

  • yourhouse778

    2019/05/15 14:33 編集

    申し訳ありません。ファイルを貼り付けることは諸事情によってできません。
    ざっくり書くと以下のような感じです。
    ##~~~~~~
    ##~~~~~~
    # CHROM POS ID ・・・・
      1  123
      1  456
      2  789
      ・
      ・
      X 1234

    キャンセル

  • mather

    2019/05/15 14:35

    データはサンプルで構わないんですが、具体的にどんなデータを分解して集計しようとしているのかが見えないので具体例が欲しかったです。

    キャンセル

  • yourhouse778

    2019/05/15 14:38

    すみませんでした。。上記でわかりますか?

    キャンセル

回答 2

checkベストアンサー

0

とりあえずリストに変換できれば、collections.Counterを使って簡単に数え上げが可能です。

https://docs.python.org/ja/3/library/collections.html#collections.Counter

>>> from collections import Counter
>>> lst = [1,1,2,3,4,4,4,5,5,6]
>>> c = Counter(lst)
>>> c
Counter({4: 3, 1: 2, 5: 2, 2: 1, 3: 1, 6: 1})
>>> c[1]
2

投稿

  • 回答の評価を上げる

    以下のような回答は評価を上げましょう

    • 正しい回答
    • わかりやすい回答
    • ためになる回答

    評価が高い回答ほどページの上位に表示されます。

  • 回答の評価を下げる

    下記のような回答は推奨されていません。

    • 間違っている回答
    • 質問の回答になっていない投稿
    • スパムや攻撃的な表現を用いた投稿

    評価を下げる際はその理由を明確に伝え、適切な回答に修正してもらいましょう。

  • 2019/05/15 15:04

    リストへの変換の仕方がわかりません。。

    キャンセル

  • 2019/05/15 15:08 編集

    データそのもののテキストがないと、こちらとしてもどう変換していいのかはわかりません。
    質問の編集機能を使って、test.vcfをテキストエディタで開いた結果を「コードブロックの中に」貼り付けて掲載してください。量が多いようであれば、フォーマットが分かる程度の行数(10行くらい)で構いません。
    あと、pythonコードもコードブロックに入れましょう。
    ```python
    ここにコードを書く
    ```
    とするだけなので簡単です。
    (途中の改行は必須。また、最後の```のあとにもテキストを続けるのなら、そこにも改行が必須)

    キャンセル

  • 2019/05/15 15:11

    編集依頼欄をよく見ていませんでした。ファイルそのものを貼り付けられない事情があるのですね。そうなると、pythonの基本的な文字列操作などを学んだ上で試行錯誤していただくしかないと思います。
    標準のcsvモジュール、pandasのようなライブラリを活用してもいいでしょう。

    キャンセル

  • 2019/05/15 15:37

    すみませんでした。。自分なりに試行錯誤してみます。

    キャンセル

0

要するにtsv形式のファイルの一種であるvcfファイルの第1桁に注目して行数を数え上げればいいわけですね。pythonでもいいですが、最短の解はawkを使ったシェルスクリプトでしょう。

awk '/^#/{next} {n[$1]++} END{for(i in n){print i,n[i]}}' test.vcf|sort

投稿

  • 回答の評価を上げる

    以下のような回答は評価を上げましょう

    • 正しい回答
    • わかりやすい回答
    • ためになる回答

    評価が高い回答ほどページの上位に表示されます。

  • 回答の評価を下げる

    下記のような回答は推奨されていません。

    • 間違っている回答
    • 質問の回答になっていない投稿
    • スパムや攻撃的な表現を用いた投稿

    評価を下げる際はその理由を明確に伝え、適切な回答に修正してもらいましょう。

15分調べてもわからないことは、teratailで質問しよう!

  • ただいまの回答率 88.77%
  • 質問をまとめることで、思考を整理して素早く解決
  • テンプレート機能で、簡単に質問をまとめられる

関連した質問

同じタグがついた質問を見る