Q&A
コードブロックを適切に使ってください
https://teratail.com/help/question-tips#questionTips3-5-1
前提・実現したいこと
ここに質問の内容を詳しく書いてください。
a[0]= 1 1 1 1 1 2 2 2 2 ・・・・22 22 22 X X X ・・Y Y Y・・MT MT MTとします。
ここから、同じ番号ごとに何個あるかをカウントしたいです。また、数字だけではなく、文字も含まれているのでどうすれば良いか困っています。
発生している問題・エラーメッセージ
エラーメッセージ
該当のソースコード
import sys
import os
with open('test.vcf','r') as file:
lines = file.read().split('\n')
for line in lines:
a = line.split('\t')
CHR = a[0]
python
試したこと
文字（XやYやMT）を別の数字に置き換えようとしましたが、エラーでname 'X' is not
defined となりました。
補足情報（FW/ツールのバージョンなど）
ここにより詳細な情報を記載してください。
a[0] == "1" ではありませんか？
できれば test.vcf ファイルの内容も提示してください。
申し訳ありません。ファイルを貼り付けることは諸事情によってできません。
ざっくり書くと以下のような感じです。
##~~~~~~
##~~~~~~
# CHROM POS ID ・・・・
１ １２３
１ ４５６
２ ７８９
・
・
X １２３４
データはサンプルで構わないんですが、具体的にどんなデータを分解して集計しようとしているのかが見えないので具体例が欲しかったです。
すみませんでした。。上記でわかりますか？
回答2件
0
要するにtsv形式のファイルの一種であるvcfファイルの第1桁に注目して行数を数え上げればいいわけですね。pythonでもいいですが、最短の解はawkを使ったシェルスクリプトでしょう。
awk '/^#/{next} {n[$1]++} END{for(i in n){print i,n[i]}}' test.vcf|sort
投稿2019/05/15 07:01
総合スコア13671
0
ベストアンサー
とりあえずリストに変換できれば、collections.Counterを使って簡単に数え上げが可能です。
https://docs.python.org/ja/3/library/collections.html#collections.Counter
python
1>>> from collections import Counter 2>>> lst = [1,1,2,3,4,4,4,5,5,6] 3>>> c = Counter(lst) 4>>> c 5Counter({4: 3, 1: 2, 5: 2, 2: 1, 3: 1, 6: 1}) 6>>> c[1] 72
投稿2019/05/15 05:29
総合スコア30933
リストへの変換の仕方がわかりません。。
データそのもののテキストがないと、こちらとしてもどう変換していいのかはわかりません。
質問の編集機能を使って、test.vcfをテキストエディタで開いた結果を「コードブロックの中に」貼り付けて掲載してください。量が多いようであれば、フォーマットが分かる程度の行数（10行くらい）で構いません。
あと、pythonコードもコードブロックに入れましょう。
```python
ここにコードを書く
```
とするだけなので簡単です。
（途中の改行は必須。また、最後の```のあとにもテキストを続けるのなら、そこにも改行が必須）
編集依頼欄をよく見ていませんでした。ファイルそのものを貼り付けられない事情があるのですね。そうなると、pythonの基本的な文字列操作などを学んだ上で試行錯誤していただくしかないと思います。
標準のcsvモジュール、pandasのようなライブラリを活用してもいいでしょう。
すみませんでした。。自分なりに試行錯誤してみます。
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