$ od -a index.html | head
0000000 b o o k nul nul nul nul m a r k nul nul nul nul
0000020 8 nul nul nul 8 nul nul nul bs etx nul nul nul nul eot dle
0000040 nul nul nul nul � del nul nul U 84 / � 88 ? � A
0000060 nul nul nul nul � del nul nul ( stx nul nul eot nul nul nul
0000100 etx etx nul nul nul eot nul nul ff nul nul nul soh soh nul nul
0000120 A p p l i c a t i o n s eot nul nul nul
0000140 soh soh nul nul M A M P ack nul nul nul soh soh nul nul
0000160 h t d o c s nul nul etx nul nul nul soh soh nul nul
0000200 G P S nul nl nul nul nul soh soh nul nul i n d e
0000220 x . h t m l nul nul dc4 nul nul nul soh ack nul nul
$ od -a check.php | head
0000000 b o o k nul nul nul nul m a r k nul nul nul nul
0000020 8 nul nul nul 8 nul nul nul � stx nul nul nul nul eot dle
0000040 nul nul nul nul � del nul nul � bel * � 88 ? � A
0000060 nul nul nul nul � del nul nul � soh nul nul eot nul nul nul
0000100 etx etx nul nul nul eot nul nul ff nul nul nul soh soh nul nul
0000120 A p p l i c a t i o n s eot nul nul nul
0000140 soh soh nul nul M A M P ack nul nul nul soh soh nul nul
0000160 h t d o c s nul nul etx nul nul nul soh soh nul nul
0000200 G P S nul ht nul nul nul soh soh nul nul c h e c
0000220 k . p h p nul nul nul dc4 nul nul nul soh ack nul nul
のような内容ですので、 macOS のエイリアスファイルですね。
gitのディレクトリを作成した際に ファイルのコピーではなく Alias を git のディレクトリに作ったのではないでしょうか。