JavaFX 、GUIのデザインをSceneBuilderを利用して作っています。Eclipse側からの実行時、SceneBuilderで加えた変更が反映されていないときがあります。どういうとき？

Question

Javaの勉強を始めて　日が浅いものです。
こちらのURLで丁寧にJavaFx&SceneBuilderのトライアルを紹介して頂いており、自分も無事動作を達成することができました。
Scene Builderを使って JavaFXを試す(Eclipse)

標題のとおりですが、SceneBuilderでデザインを編集してSave後、Eclipse側で実行しても　その変更が反映していないことがあります。
2・3回実行を繰り返すと、「あ、反映した」という感じです。

【質問】
規則性も特定できず、正しい操作を自分が行っていないからではないか、と不安です。
これはSceneBuilderをご利用の方　皆様が認識されている事象でしょうか？　Save時に関連のクラスがコンパイルされていたりするのでしょうか？

もし正しいSceneBuilderの使い方、Eclipse側の実行方法をしていないことが疑われる場合、本来の反映方法・Eclipse側での実行方法を教えてくださいませんか？

よろしくお願い致します。