回答欄には書かれてないけど、ある方が指摘されておられた『フォルダーの数が多い場合は配列arrTreeNodeも大きくなりJSON変換で処理が返ってこない状態になります』が、私個人としては「確度の非常に高い原因」であろう、と思いますよ。ご健闘を祈ります!
★以下は「解答欄以外の投稿」があるとは知らなかった「アホな私」の文面です。
◉非純粋回答:(無視されて当然な回答です)
高いスキルの方、誰か答えてあげてください。Of course, If you like.
・「javaのWebアプリ」とは、とても先見性がありますね。
ただ、まだ何も回答が付いていらっしゃらないのは、
おそらく「多因性エラー」ゆえ かしら?
または、他の環境下では誰も起こらないからか?(この場合、コードレベルの回答のしようがなく、かといって『うちじゃあ、なんも止まりまへんで〜!』と回答すると、角が立ってやさしくないし・・・)
以下は「原因の憶測の可能性」ゆえ、テキトーに否定されて普通の散文です。
【例えば】サーバ側の何らかの制限か?・単なるメモリ自動管理システムが邪魔してたり?・javaの上位ヴァージョン機能も、使うOSやブラウザ側との相性によっては、最大限に活かせなかったり?・サーバ処理がサーバ会社であれば、その仮想化技術によるハードウェアレベルでの盲点として起きている現象なのか?・はたまた通信回線のどこかに旧式LANケーブルが使われていて「cat8」に交換したら、うまくいった!とかいう問題なのか?
・私も興味ある分野ゆえ、0.1%でも解決につががれば・・・と思い、投稿してしまいました。お邪魔しました。