ATOMエディターでRemoteFTPするとローカルが勝手に上書きされる。

Question

前提・実現したいこと

AtomエディタのRemote-FTPパッケージを使用して、リモートサーバーとローカルでファイルを編集・同期しています。
ローカルのファイルが勝手にサーバーのファイルで上書きされて困っています。

発生している問題・エラーメッセージ

1.ローカルのファイルを編集・保存する（ファイルは開いたまま）
2.RemoteFTPでサーバーのファイルを開く
3.ローカルのファイルが勝手にサーバーのファイルで上書きされる。
（1.の編集が消えてしまう）

試したこと

RemoteFTPの設定で「Auto Upload On Save」はneverに変更しています。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

AtomもRemoteFTPも今日インストールしたので最新です。