ゲーム開発のプロではないのでふわふわした回答になってしまいますが、面白い内容なので回答します。
enchant.jsで簡単な開発したことがありますが、特に景品やランキングなどが無いゲームでしたので問題になりませんでしたが、対策するとなりますと困難な部分はあるかと思います。
仰る通り、JSはChromeのデベロッパーツールなどでも簡単に不正が行いやすい点もあるでしょうし、
ネイティブアプリであっても不正ができることは間違いありません。
先の回答者さんも書いていらっしゃる通り、重要なことはサーバーサイトで行うというのが基本になるでしょう。
あとはゲームの内容にも依ってくると思います。
例えば、アイテムやキャラデータが関わるものでしたら、複製できないようにと、あとで不正なアイテムをBANできるように、それぞれに固有のIDをサーバーサイドから払い出すことが基本的な対策となるようです。
スコアランキングがあるようなゲームでしたら、単にスコアの結果のみを受け取るのではなく、そのスコアの過程が正常に行われたものであるかどうかなど、途中経過なども含めて追えるような仕組みにしておくべきでしょう。
あとは、ゲームの参加にTwitterアカウントやGoogleアカウントでの登録が必要な仕組みにできるようにしておけば、それもある程度の抑止力を生むと思います。
不正の難易度を上げることも重要ですが、、不正を完全に抑止するのは不可能であるという考えのもとで、不正が行われた場合に、不正であったことを確認し対策できるような仕組みを作り込んでおくことも必要でしょう。
JSは解析しやすい言語ではありますが、不正対策を盛り込むことは本来のゲームとは離れた部分での開発リソースを食うことになりますので、如何に全体のバランスを取るのか、という部分を意識することも重要な点かと思います。
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