backlogのwebフックからファイルをデプロイ

Question

表題のことを行いたいのですが、うまくいきません。。

できていること（環境aws ec2 linux php 5.3）

• backlogからjsonデータをwebhookにて取得
• サーバーにgitをインストール
• サーバーにteratermによりアクセス

デプロイファイル

<?php
// リポジトリ名
$repo_name   = 'hoge
';
// Gitレポジトリの位置の指定
$git_dir     = '/var/www/html/hoge/' . $repo_name . '.git';
// 展開先ディレクトリの指定
$work_tree   = '/var/www/html/hoge/';
// logファイルの指定
$log_file    = '/var/www/html/hoge/deploy.log';
// Gitコマンドパス
$git_command = '/usr/local/bin/git';
// リリースするブランチの指定
$deploy_ref  = 'refs/heads/master';

$request_body = file_get_contents('php://input');
$request_body = urldecode($request_body);
$request_body = str_replace("payload=", "", $request_body);
$payload = json_decode($request_body);

$checkout = false;
if ($payload){
    $ref = $payload->content->ref;
    if ($ref == $deploy_ref) {
        $checkout = true;
    }
}

if ($checkout) {
    exec($git_command . ' --git-dir=' . $git_dir . ' fetch');
    exec($git_command . ' --git-dir=' . $git_dir . ' --work-tree=' . $work_tree . ' checkout -f');
    $commit_hash = shell_exec($git_command . ' --git-dir=' . $git_dir . ' rev-parse --verify HEAD');
    file_put_contents($log_file, date('r') . " Ref: " .  $ref . " Commit: " . $commit_hash . "\n", FILE_APPEND);
}
?>

うまくいっていない部分(php)

if ($checkout) {
    exec($git_command . ' --git-dir=' . $git_dir . ' fetch');
    exec($git_command . ' --git-dir=' . $git_dir . ' --work-tree=' . $work_tree . ' checkout -f');
    $commit_hash = shell_exec($git_command . ' --git-dir=' . $git_dir . ' rev-parse --verify HEAD');
    file_put_contents($log_file, date('r') . " Ref: " .  $ref . " Commit: " . $commit_hash . "\n", FILE_APPEND);
}
//deploy.logはちゃんと生成されていますが、Commit: が空欄になります。

teraterm上でsshアクセスし下記を順番に行うとちゃんと出力されます。

$ sudo git --git-dir=/var/www/html/hoge.gif fetch
$ sudo git --git-dir=/var/www/html/hoge.git --work-tree=/var/www/html/hoge/ checkout -f

順番に打ち込むとちゃんとファイルが更新されるのですが、
なぜかwebhookを通すとちゃんと動いてくれません。
どこがおかしいでしょうか？

https://gist.github.com/hissy/6a114d0d9a85f3338aed
を参考にさせていただきました。