Bootstrap自体はSCSSを基にして作られています。
twbs/bootstrap
上記はBootstrapのレポジトリです。そのまま使用する場合はdist/cssにあるCSSを使いますが、これらはsccsにある各SCSSファイルから生成されています(SCSSについての知識があれば、自分で再生成することも可能です)。このとき、CSSの他にMAPファイルというものが作られます。これらはCSSファイルと1対1で対応しており、"bootstrap.min.css"のMAPファイルであれば"bootstrap.min.css.map"というようにです。このMAPファイルは何かというと、CSSファイルのある部分が元になったSCSSのどの部分に該当するかという情報が載っています。Google Chromeと言ったモダンなブラウザはこのMAPファイルが存在する場合、デベロッパーツールの画面では、CSSではなく元になったSCSSの場所を示してくれると言うことです。SCSSが自動的に作られるわけではありません。
もし、"bootstrap.min.css.map"がなく"bootstrap.min.css"だけであれば、ブラウザはそのままCSSでのファイルの位置を示してくれるでしょう。しかし、完成されたCSSは圧縮されており、また、複雑です。CSS自体をカスタマイズすることはあまり効率が良くなく、SCSSでカスタマイズした方がはるかに楽です。どのSCSSのどこを見てカスタマイズすると良いのかという情報は、CSSだけを見てもわかりません。しかし、MAPファイルがあれば、どのSCSSのどの部分にあたるかがわかるため、カスタマイズも容易になると言うことです。