jupyterでDBファイルが読み込めない

Question

以下のようにjupyter notebookでDBファイルを参考書の通り、読み込もうとしました。

import os 
import pandas as pd
from urllib.request import urlopen
import sqlite3


base_url = '/Users/name/Documents/python/jupyter実践入門/sample-data-master/anime'
anime_db = os.path.join(base_url, 'anime.db')
res = urlopen(anime_db)
with open('anime.db', 'wb') as f:
    f.write(res.read())
    with sqlite3.connect(f.name) as conn:
        df = pd.read_sql('SELECT * FROM anime', conn)

すると、以下のようなエラーが生じてしまいます。

---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-5-9e7397a768cb> in <module>
      7 base_url = '/Users/name/Documents/python/jupyter実践入門/sample-data-master/anime'
      8 anime_db = os.path.join(base_url, 'anime.db')
----> 9 res = urlopen(anime_db)
     10 with open('anime.db', 'wb') as f:
     11     f.write(res.read())

/anaconda3/envs/jupyter-env/lib/python3.6/urllib/request.py in urlopen(url, data, timeout, cafile, capath, cadefault, context)
    221     else:
    222         opener = _opener
--> 223     return opener.open(url, data, timeout)
    224 
    225 def install_opener(opener):

/anaconda3/envs/jupyter-env/lib/python3.6/urllib/request.py in open(self, fullurl, data, timeout)
    509         # accept a URL or a Request object
    510         if isinstance(fullurl, str):
--> 511             req = Request(fullurl, data)
    512         else:
    513             req = fullurl

/anaconda3/envs/jupyter-env/lib/python3.6/urllib/request.py in __init__(self, url, data, headers, origin_req_host, unverifiable, method)
    327                  origin_req_host=None, unverifiable=False,
    328                  method=None):
--> 329         self.full_url = url
    330         self.headers = {}
    331         self.unredirected_hdrs = {}

/anaconda3/envs/jupyter-env/lib/python3.6/urllib/request.py in full_url(self, url)
    353         self._full_url = unwrap(url)
    354         self._full_url, self.fragment = splittag(self._full_url)
--> 355         self._parse()
    356 
    357     @full_url.deleter

/anaconda3/envs/jupyter-env/lib/python3.6/urllib/request.py in _parse(self)
    382         self.type, rest = splittype(self._full_url)
    383         if self.type is None:
--> 384             raise ValueError("unknown url type: %r" % self.full_url)
    385         self.host, self.selector = splithost(rest)
    386         if self.host:

ValueError: unknown url type: '/Users/name/Documents/python/jupyter実践入門/sample-data-master/anime/anime.db'

unknown urlの解決方法がググってもよくわからず、ここに質問させていただきます。
よろしくお願いします。

mac 10.14.1
jupyter notebook 5.7.4

Answer 1

URLではなくファイルパスを渡しているのがそもそも変ですが、本当にそれで参考書の通りの記述になっていますか？　本の名前とページ数、当該ページのスキャンか写メを貼ってもらえると助言しやすいかもしれません。

httpなどから始まるURLを渡すべきだと思うんですがねぇ。

Comments

[hayataka2049]

ValueError: unknown url type:
URLのフォーマットとして解釈できなかった、と言っています。

[gunmed]

回答ありがとうございます。
'http://raw.githubusercontent.com/practical-jupyter/sample-data/master/anime/'
のように変更し、df.head()を追加したら、無事表示できました。
参考書は、pythonユーザーのためのjupyter実践入門(2017年9月発行)の102ページなのですが、コード自体に間違いはないです。(import os
import pandas as pdは別ページにて、該当のcell以外に記述してあったので、一応質問のために、該当cellに追加しました。)
p84ページの説明では、URL('http://raw.githubusercontent.com/practical-jupyter/sample-data/master/anime/')を渡すとしているのですが、ネット環境がなければ、ダウンロードしたファイルパスを参照してくださいとなっていて、意味もなく後者を選んでしましました。
csvファイルやエクセルファイルはファイルパスでも読み込めていたので、今回のDBファイルが開けなくて困ってしまったという流れです。
普通はURLを渡すのですね、知りませんでした。

[gunmed]

すみません、'は不要です。

[hayataka2049]

URLがどちらも繋がらないようです（'など削除しても）。

[hayataka2049]

res = urlopen(anime_db)
with open('anime.db', 'wb') as f:
f.write(res.read())
anime.dbを落としてきて同名ファイルに書いているだけだと思うので、落としたファイルでやるならきっとここは端折って
with sqlite3.connect("/path/to/anime.db") as conn:
df = pd.read_sql('SELECT * FROM anime', conn)
でいい気がしますが、そういう意味ではなくて？

[gunmed]

すみません、無事繋がり解決したと思い、しばらくteratailをみてませんでした。なので、hayataka2049さんの質問に気づきませんでした。申し訳ありません。

繋がらないのですか？？
上記のURLをコピーして、googleに貼り、不要なところを消して、anime.dbを加えると繋がって、データベースがダウンロードされます！それとは別のことでしょうか。

with sqlite3.connect(f.name) as conn:
df = pd.read_sql('SELECT * FROM anime', conn)
が何を表してるのかが参考書に一切説明がなく、ただ写経しただけなので、何を意味しているのか実は、理解できてません。SELECTとかsqlite3.connectとか今調べてみても、すぐにはピンとこず、質問に答えられない状況です。勉強不足ですみません、、、

[hayataka2049]

URLについてはanime.dbを繋げたらアクセスできたので大丈夫です。
＞が何を表してるのかが参考書に一切説明がなく、ただ写経しただけなので、何を意味しているのか実は、理解できてません。
anime.dbはsqliteのデータベースを表すファイルそのものです。sqliteはデータベースをファイル一つで表現します。
要するにローカルにanime.dbがあれば動きます。外側のwithは、「anime.dbの中身をweb上から落として（res.read()で）同名ファイルに書く」ということをやっているだけです。なので、「ダウンロードしたファイルパスを参照してください」というのは、外側のwithを消して直接anime.dbのパスを内側のwithのopenの引数に書いておけ、という旨だと思います。

[gunmed]

なるほど、端折ってという意味はそういう意味だったのですね。落としてあるなら外側のwithは確かにいらないですね。
おかげさまでやっと理解できました。非常に勉強になりました。
ありがとうございました。