WordPressオリジナルテーマの記事内でショートコードがそのまま表示されてしまいます。

WordPressにてオリジナルテーマを0から作成したサイトがあるのですが、記事内にMetaSliderというプラグインで生成したショートコードを貼り付けたところコードがそのまま表示されてしまいます。
こちらの記事になるようなオリジナルテーマでありがちな下記の表記も問題ありません。

<?php wp_head(); ?>
</head>

<?php wp_footer(); ?>
</body>

基本テーマのtwentysixteenなどにすると動作しますし、single.php以外のheader.phpなどに、下記のようにショートコードを呼び出しても動作します。

<?php echo do_shortcode('[metaslider id="336"]'); ?>

ちなみにこちらがsingle.phpのコードですが何かおかしな部分があるのでしょうか？

<?php get_header(); ?>
 <div class="main_contents">
     <article class="sp_wrapper">
         <div class="content_single_article content_line content_bottom_single">
             <div class="single_image fadein">
                 <h1 class="fadein">
                     <?php the_title_attribute(); ?>
                 </h1>
                 <?php
if ( has_post_thumbnail() ) {
 the_post_thumbnail();
}
else {
 echo '<img src="' . get_bloginfo( 'template_directory' ) . '/images/thumbnail.png">';
}
?>
                     <p>
                         <?php
$this_content= wpautop($post->post_content);
echo $this_content;
?>
                     </p>
             </div>
         </div>
     </article>

     <article>
         <div class="related_article">
             <h2>
                 <div class="title_line fadein">
                     Related Article
                 </div>
             </h2>
             <div class="content">
                 <?php
// 同じカテゴリから記事を10件呼び出す
$categories = get_the_category($post->ID);
$category_ID = array();
foreach($categories as $category):
array_push( $category_ID, $category -> cat_ID);
endforeach ;
$args = array(
'post__not_in' => array($post -> ID), // 今読んでいる記事を除く
'posts_per_page'=> 3,
'category__in' => $category_ID,
'orderby' => 'rand', // ランダムに記事を選ぶ
);
$query = new WP_Query($args);
if( $query -> have_posts() ): while ($query -> have_posts()) : $query -> the_post();
?>
                     <div class="content_size">
                         <a href="<?php the_permalink(); ?>">
                             <div class="frontcatch_size fadein">
                                 <?php
                                 the_post_thumbnail( 'thumb300'); ?>

                                     <div class="post_body">
                                         <?php
if(mb_strlen($post->post_title, 'UTF-8')>13){
 $title= mb_substr($post->post_title, 0, 13, 'UTF-8');
 echo $title.'……';
}else{
 echo $post->post_title;
}
?>
                                     </div>
                             </div>
                         </a>
                     </div>
                     <?php endwhile; ?>
                     <?php else : ?>
                     <p>記事が見つかりません</p>
                     <?php endif; ?>
                     <?php wp_reset_postdata(); wp_reset_query(); ?>
             </div>
         </div>
     </article>
 </div>
 </div>
 <!-- /contents -->
 <?php get_footer(); ?>

もし原因がお分かりの方がいらっしゃればご回答頂けると助かります。
よろしくお願いいたします。