前提・実現したいこと
以下のスクリプトを『Rscript スクリプト名.R』の形で実行したいです。
https://github.com/davidaknowles/leafcutter/blob/master/scripts/leafcutter_ds.R
スクリプト中にオプションで指定してある--num_threadsなどの引数を指定するためにはどうしたら良いのでしょうか。
該当のソースコードと問題点
R
1Rscript ***.R --num_threads 数値 読み込みたいファイル名1 読み込みたいファイル名2 2もしくは 3***.R --num_threads 数値 読み込みたいファイル名1 読み込みたいファイル名2
『--』で指定しない引数(args[*]で指定したもの、上の場合だと『読み込みたいファイル名1/2』)は読み込めるのですが、
『--』で指定した数値やファイル名(num_threadsなど)は上のコードでは読み込むことができません。
これらのオプションを指定したい場合、どのようにコードを書くのが正確なのでしょうか。
初歩的な質問で恐縮ですが、ご教示いただけますと幸いです。
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