rstanのコンパイルエラー

前提・実現したいこと

Rでrstanをインストールしようとすると、コンパイルエラーが表示されます。

発生している問題・エラーメッセージ

chains.o: relocation R_X86_64_32 against `__pthread_key_create' can not be used when making a shared object; 
recompile with -fPIC
chains.o: error adding symbols: 不正な値です
collect2: エラー: ld はステータス 1 で終了しました
make: *** [rstan.so] エラー 1
ERROR: compilation failed for package ‘rstan’

該当のソースコード

R
1install.packages("rstan", repos = "https://cran.r-project.org",dependencies = T)

試したこと

最初はC++14 standard requested but CXX14 is not definedが表示されたため

R
1dotR <- file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R")
2if (!file.exists(dotR)) 
3  dir.create(dotR)
4M <- file.path(dotR, "Makevars")
5if (!file.exists(M)) 
6  file.create(M)
7cat("\nCXX14FLAGS=-O3 -Wno-unused-variable -Wno-unused-function",
8    "CXX14 = g++ -std=c++1y",
9    file = M, sep = "\n", append = TRUE)

を実行しました。

R
1pkgbuild::has_build_tools(debug = TRUE)

ではTRUEが返ってきます。

【参考】
https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/RStan-Getting-Started-(Japanese)

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

R3.5.1

ご回答のほどよろしくお願いいたします。

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回答1件

自己解決

使用しているサーバーのコンパイル設定の問題だったようで、管理者の方に解決していただきました。
参考にならず申し訳ありません…

投稿2019/01/28 07:22

kompeito

総合スコア13

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