Redmineにアクセスするも「Could not find gem」エラーが出る

Question

前提・実現したいこと

CentOS 7.6にRedmine4.0をインストールし、運用したいです。

ruby 2.6.0p0
Bundler version 2.0.1
mysql 5.7.25

発生している問題・エラーメッセージ

http://guide.redmine.jp/RedmineInstall/
↑を見ながら導入作業を進めています。

ApacheにRedmineを設置しブラウザからアクセスすると、
403エラーが出ました。
error.logを見ろとのことだったので、
見た結果が以下になります。

[ E 2019-01-24 12:50:04.2122 28014/T2s age/Cor/App/Implementation.cpp:221 ]: Could not spawn process for application /var/www/html/redmine/redmine-4.0.1: The application encountered the following error: Could not find gem 'csv (~> 3.0.1)' in any of the gem sources listed in your Gemfile. (Bundler::GemNotFound)
  Error ID: 4ba8ddc4
  Error details saved to: /tmp/passenger-error-DqpJy3.html

[ E 2019-01-24 12:50:04.2142 28014/T8 age/Cor/Con/CheckoutSession.cpp:276 ]: [Client 1-10] Cannot checkout session because a spawning error occurred. The identifier of the error is 4ba8ddc4. Please see earlier logs for details about the error.

csvのGemが無いよといわれている様なので、
gem listで確認したところ

csv (3.0.3, default: 3.0.2, 3.0.1, 3.0.0)

確認する限り、csvはしっかりあるように見えます。
どうやらGemが正しく読み込まれていないようです・・・。
何か設定がおかしいのでしょうか。
宜しくお願い致します。

試したこと

bundle update
gem update

補足情報

Gemfileの記述は以下です。

source 'https://rubygems.org'

gem "bundler", ">= 1.5.0"

gem "rails", "5.2.2"
gem "rouge", "~> 3.3.0"
gem "request_store", "1.0.5"
gem "mini_mime", "~> 1.0.1"
gem "actionpack-xml_parser"
gem "roadie-rails", "~> 1.3.0"
gem "mimemagic"
gem "mail", "~> 2.7.1"
gem "csv", "~> 3.0.1" if RUBY_VERSION >= "2.3" && RUBY_VERSION < "2.6"

gem "nokogiri", (RUBY_VERSION >= "2.3" ? "~> 1.10.0" : "~> 1.9.1")
gem "i18n", "~> 0.7.0"

# Windows does not include zoneinfo files, so bundle the tzinfo-data gem
gem 'tzinfo-data', platforms: [:mingw, :x64_mingw, :mswin]
gem "rbpdf", "~> 1.19.6"

# Optional gem for LDAP authentication
group :ldap do
  gem "net-ldap", "~> 0.16.0"
end

# Optional gem for OpenID authentication
group :openid do
  gem "ruby-openid", "~> 2.3.0", :require => "openid"
  gem "rack-openid"
end

platforms :mri, :mingw, :x64_mingw do
  # Optional gem for exporting the gantt to a PNG file, not supported with jruby  group :rmagick do
    gem "rmagick", ">= 2.14.0"
  end

  # Optional Markdown support, not for JRuby
  group :markdown do
    gem "redcarpet", "~> 3.4.0"
  end
end

source 'https://rubygems.org'

gem "bundler", ">= 1.5.0"

gem "rails", "5.2.2"
gem "rouge", "~> 3.3.0"
gem "request_store", "1.0.5"
gem "mini_mime", "~> 1.0.1"
gem "actionpack-xml_parser"
gem "roadie-rails", "~> 1.3.0"
gem "mimemagic"
gem "mail", "~> 2.7.1"
gem "csv", "~> 3.0.1" if RUBY_VERSION >= "2.3" && RUBY_VERSION < "2.6"

gem "nokogiri", (RUBY_VERSION >= "2.3" ? "~> 1.10.0" : "~> 1.9.1")
gem "i18n", "~> 0.7.0"

# Windows does not include zoneinfo files, so bundle the tzinfo-data gem
gem 'tzinfo-data', platforms: [:mingw, :x64_mingw, :mswin]
gem "rbpdf", "~> 1.19.6"

# Optional gem for LDAP authentication
group :ldap do
  gem "net-ldap", "~> 0.16.0"
end

# Optional gem for OpenID authentication
group :openid do
  gem "ruby-openid", "~> 2.3.0", :require => "openid"
  gem "rack-openid"
end

platforms :mri, :mingw, :x64_mingw do
  # Optional gem for exporting the gantt to a PNG file, not supported with jruby  group :rmagick do
    gem "rmagick", ">= 2.14.0"
  end

  # Optional Markdown support, not for JRuby
  group :markdown do
    gem "redcarpet", "~> 3.4.0"
  end
end

# Include database gems for the adapters found in the database
# configuration file
require 'erb'
require 'yaml'
database_file = File.join(File.dirname(__FILE__), "config/database.yml")
if File.exist?(database_file)
  database_config = YAML::load(ERB.new(IO.read(database_file)).result)
  adapters = database_config.values.map {|c| c['adapter']}.compact.uniq
  if adapters.any?
    adapters.each do |adapter|
      case adapter
      when 'mysql2'
        gem "mysql2", "~> 0.5.0", :platforms => [:mri, :mingw, :x64_mingw]
      when /postgresql/
        gem "pg", "~> 1.1.4", :platforms => [:mri, :mingw, :x64_mingw]
      when /sqlite3/
        gem "sqlite3", "~>1.3.12", :platforms => [:mri, :mingw, :x64_mingw]
      when /sqlserver/
        gem "tiny_tds", "~> 1.0.5", :platforms => [:mri, :mingw, :x64_mingw]
        gem "activerecord-sqlserver-adapter", :platforms => [:mri, :mingw, :x64_mingw]
      else
        warn("Unknown database adapter `#{adapter}` found in config/database.yml, use Gemfile.local to load your own database gems")
      end
    end
  else
    warn("No adapter found in config/database.yml, please configure it first")
  end
else
  warn("Please configure your config/database.yml first")
end

group :development do
  gem "yard"
end

group :test do
  gem "rails-dom-testing"
  gem "mocha"
  gem "simplecov", "~> 0.14.1", :require => false
  # For running system tests
  gem 'puma', '~> 3.7'
  gem "capybara", '~> 2.13'
  gem "selenium-webdriver"
end

local_gemfile = File.join(File.dirname(__FILE__), "Gemfile.local")
if File.exists?(local_gemfile)
  eval_gemfile local_gemfile
end

# Load plugins' Gemfiles
Dir.glob File.expand_path("../plugins/*/{Gemfile,PluginGemfile}", __FILE__) do |file|
  eval_gemfile file
end

###追記情報

Rubyのバージョンが異なるとご指摘を受けたので、
Rubyを2.5.0にrbenvで変更し再度、
gem install bundler
を行いました。
しかし、次に
bundle install --without development test
を行うと、以下のようにエラーが出ました。

An error occurred while installing nokogiri (1.10.1), and Bundler
cannot continue.
Make sure that `gem install nokogiri -v '1.10.1' --source
'https://rubygems.org/'` succeeds before bundling.

In Gemfile:
  rails was resolved to 5.2.2, which depends on
    actioncable was resolved to 5.2.2, which depends on
      actionpack was resolved to 5.2.2, which depends on
        actionview was resolved to 5.2.2, which depends on
          rails-dom-testing was resolved to 2.0.3, which depends on
            nokogiri

そこで、今度も指示通り
gem install nokogiri -v '1.10.1' --source 'https://rubygems.org/'
を実行しgemをインストールしましたが、
もう一度bundle install --without development testを実行すると、
まったく同様のエラーが出てしまいました。
やはりGemが読み込めていないのでしょうか。
宜しくお願い致します。

Comments

[matsuand]

そもそも Redmine-4.0 は Ruby support 2.5 のよう (http://blog.redmine.jp/articles/4_0/changelog/ ) ですが、大丈夫ですか？

[Sutasyu127]

matsuand様
その通りですね・・・。
Rubyバージョンを変更して、情報を追記いたしました。

[matsuand]

エラーメッセージに、Make sure that `gem install nokogiri -v '1.10.1' --source 'https://rubygems.org/'` succeeds before bundling. と示されていますから、従ってみてはいかがでしょう？

[Sutasyu127]

はい、その通りに実行し、Gemが入っているのは確認したのですが、
同じエラーが出ている状況です。

下記は
gem install nokogiri -v '1.10.1' --source 'https://rubygems.org/'
の実行結果です。

[root@ほげ redmine-4.0.1]# gem install nokogiri -v '1.10.1' --source 'https://rubygems.org/'
Building native extensions. This could take a while...
Successfully installed nokogiri-1.10.1
Parsing documentation for nokogiri-1.10.1
Done installing documentation for nokogiri after 1 seconds
1 gem installed

また、gem listの結果も念のため下記致します。

*** LOCAL GEMS ***

actioncable (5.2.2)
actionmailer (5.2.2)
actionpack (5.2.2)
actionpack-xml_parser (2.0.1)
actionview (5.2.2)
activejob (5.2.2)
activemodel (5.2.2)
activerecord (5.2.2)
activestorage (5.2.2)
activesupport (5.2.2)
addressable (2.6.0)
arel (9.0.0)
bigdecimal (default: 1.3.4)
builder (3.2.3)
bundler (2.0.1)
cmath (default: 1.0.0)
concurrent-ruby (1.1.4)
crass (1.0.4)
css_parser (1.6.0)
csv (3.0.3, default: 1.0.0)
date (default: 1.0.0)
dbm (default: 1.0.0)
did_you_mean (1.2.0)
erubi (1.8.0)
etc (default: 1.0.0)
fcntl (default: 1.0.0)
fiddle (default: 1.0.0)
fileutils (default: 1.0.2)
gdbm (default: 2.0.0)
globalid (0.4.2)
htmlentities (4.3.4)
i18n (0.7.0)
io-console (default: 0.4.6)
ipaddr (default: 1.2.0)
json (default: 2.1.0)
loofah (2.2.3)
mail (2.7.1)
marcel (0.3.3)
method_source (0.9.2)
mimemagic (0.3.3)
mini_mime (1.0.1)
mini_portile2 (2.4.0)
minitest (5.11.3, 5.10.3)
mysql2 (0.5.2)
net-ldap (0.16.1)
net-telnet (0.1.1)
nio4r (2.3.1)
nokogiri (1.10.1)
openssl (default: 2.1.0)
pkg-config (1.3.2)
power_assert (1.1.1)
psych (default: 3.0.2)
public_suffix (3.0.3)
rack (2.0.6)
rack-openid (1.4.2)
rack-test (1.1.0)
rails (5.2.2)
rails-dom-testing (2.0.3)
rails-html-sanitizer (1.0.4)
railties (5.2.2)
rake (12.3.2, 12.3.0)
rbpdf (1.19.7)
rbpdf-font (1.19.1)
rdoc (default: 6.0.1)
redcarpet (3.4.0)
request_store (1.0.5)
rmagick (2.16.0)
roadie (3.4.0)
roadie-rails (1.3.0)
rouge (3.3.0)
ruby-openid (2.3.0)
scanf (default: 1.0.0)
sdbm (default: 1.0.0)
sprockets (3.7.2)
sprockets-rails (3.2.1)
stringio (default: 0.0.1)
strscan (default: 1.0.0)
test-unit (3.2.7)
thor (0.20.3)
thread_safe (0.3.6)
tzinfo (1.2.5)
webrick (default: 1.4.2)
websocket-driver (0.7.0)
websocket-extensions (0.1.3)
xmlrpc (0.3.0)
zlib (default: 1.0.0)

[matsuand]

bundle install 時に nokogiri でつまづく話はたくさんありそうです。私には経験がないところですので、まずはご自身でお調べになってはいかがでしょうか？ rbenv を利用されているんですよね？ gem のインストール先や、利用時の参照先は、共に同一になっていますか？ システムワイドなインストールものと、個別インストールものが混同・混在していませんか？

Answer 1

Bundler version 2.0.1と書かれていますが、2.0よりも前のbundlerを利用した方が良いかもしれません。

gem install bundler -v 1.17.3
bundle install