Pythonのエラー ValueError: is not in list

Question

以前こちらで回答して頂いた（https://teratail.com/questions/165782）コードを組み込んで動かしてみると、今まで出なかった

index = array_number.index(intron_number) #intorn分子の最初の通しナンバー
ValueError: 47 is not in list

というエラーが出てしまいました...

47というのが以下のコード中のintron位置になります。
コードの初めにある部分が先ほどの教えていただいたところです。
そこで処理された4nua.txtには47も存在しています

宜しくお願い致します。

file = open('4nua.txt','r')
string = file.readline()

while string:
    is_skip = False

    if 'ANISOU' in string:           # ANISOUを含む
    #if string.startswith('ANISOU'): # ANISOUで始まる
        is_skip = True

    #if string[36] == ' ':
    #    is_skip = True
    if not is_skip:
        print(string.rstrip())
        
    string = file.readline()
    
x = [0]*10000
y = [0]*10000
z = [0]*10000       
array_number = [0]*10000    #配列番号
tag = [0]*10000     #物質名
atom = [0]*10000    #原子名
chain = [0]*10000   #鎖

#最初の読み込み------------------------------------
cnt = 0
while string:
    cnt = int(string[6:11],10)
    if string[36] == ' ':
        string = file.readline()
        continue

    x[cnt] = float(string[31:38])
    y[cnt] = float(string[39:46])
    z[cnt] = float(string[47:54])
    array_number[cnt] = float(string[22:26])
    tag[cnt] = string[17:20]
    atom[cnt] = string[13:16]   
    chain[cnt] = string[21]

    string = file.readline()

print('READ FINISH.');      #読み込み完成すると表示

#input_intron----------------------------------------

print('intronの数は？')
intron_kazu = int(input())      #intron個数

x_intron = []*(intron_kazu)
y_intron = []*(intron_kazu)
z_intron = []*(intron_kazu)
list_intron = []    #intronの通しナンバー

print('intron位置を全て入力して')
print('例：入力➡ENTER➡入力➡ENTERの繰り返し')
for i in range(intron_kazu):

    intron_number = int(input())    #intronの残基番号を入力
    list_intron.append(intron_number)

    index = array_number.index(intron_number)   #intorn分子の最初の通しナンバー
    count = array_number.count(intron_number)   #intron分子を構成する原子数
    intron_finish = index + count               #(intron原子の最後の通しナンバー + 1)

Answer 1

[].index(1)

でも同様の下記のエラーが出ます

Traceback (most recent call last):
  File "<pyshell#1>", line 1, in <module>
    [].index(1)
ValueError: 1 is not in list

つまり、array_numberの中に47という値が入っていないことになります

Comments

[mah3]

ご回答ありがとうございます。
なるほど...
また考えてみます！
ありがとうございました！

Answer 2

readline()がイテレータであることが分かれば一歩進めそうな気がしました。

今回の場合、readline()は、「ファイル(今回の場合、file)を読み込み次の行に移動する」という性質を持っています。
何が言いたいかコメントで書いたので確認していただければと。(うるさくて申し訳ないです)

file = open('4nua.txt','r')
string = file.readline()

while string:

    色々と処理

    string = file.readline()

# 上記のwhile文を抜けた時点でファイルの読み込みは終了している！！
色々と初期化

#最初の読み込み------------------------------------
# ファイルの読み込みは終了してしまってるので、この下のwhile文には入ってきていない！！(気がします)
cnt = 0
while string:

    色々と処理

    string = file.readline()

# 2つ目のwhile文では何もしていないまま・・・！！
print('READ FINISH.');      #読み込み完成すると表示

Comments

[mah3]

ご回答ありがとうございます。
細かく書いていただきありがとうございます！！！
こちらを参考にして考えてみます。
ありがとうございました！

[_TM]

頑張ってください！(これは余談ですが、「pandasというライブラリを用いる」もしくは、「split()という関数を使う」で、もう少し簡単にいくかも？という気もしました。余裕があればご検討ください)

Answer 3

当てずっぽうですが、ANISOU までは必要なデータ以外の行だと仮定します。
そうすると、

while string:
    is_skip = False

    if 'ANISOU' in string:           # ANISOUを含む
    #if string.startswith('ANISOU'): # ANISOUで始まる
        is_skip = True

    #if string[36] == ' ':
    #    is_skip = True
    if not is_skip:
        print(string.rstrip())

    string = file.readline()

を

while 'ANISOU' not in string:
    print(string.rstrip())
    string = file.readline()

に変えると、どうでしょう。