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Python 3.x

Python 3はPythonプログラミング言語の最新バージョンであり、2008年12月3日にリリースされました。

Q&A

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BioPythonのEntrezでの検索で、termに使用できる値のリストはどこにありますか?

kazuki_ueno

総合スコア10

Python 3.x

Python 3はPythonプログラミング言語の最新バージョンであり、2008年12月3日にリリースされました。

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投稿2019/01/17 08:29

前提・実現したいこと

BioPythonを使用して「特定の日付の間に公開された、特定の属のNucleotide GenBankエントリーの数」を取得したいのですが、Entrez.esearchでの日付の指定方法がわかりません。
termにどの値を入れるべきかというのも知らないため、書き方ではなく、指定できる値のリストの参照先をご存知の方は教えていただけませんか?

試したこと

試しているのは以下のコードです。

Entrez.esearch(db="nucleotide", term='genus[Organism] AND mindate[start_date] AND maxdate[end_date]')

また、以下のリンクを探していますが見つけられていません。
http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3837/

よろしくお願いいたします。

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回答1

0

一時対応ではありますが解決しました。

ドキュメントを探し当てたわけではないですが、NCBIのAdvanced検索の検索条件を指定し、URLからクエリを抜き出し類推することで解決しました。

投稿2019/01/18 07:55

kazuki_ueno

総合スコア10

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