1、”>”で始まったらprint
2、”>”でないなら文字列を計算
3、計算結果の最大値と最小値を出力
4、最大値・最小値の時の”>”の文字列を表示
date
1>YP_009518834.1 putative uncharacterized protein YjiT [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655] 2MGQSEYISWVKCTSWLSNFVNLRGLRQPDGRPLYEYHATNDEYTQLTQLLRAVGQSQSNICNRDFAACFV 3LFCSEWYRRDYERQCGWTWDPIYKKIGISFTATELGTIVPKGMEDYWLRPIRFYESERRNFLGTLFSEGG 4LPFRLLKESDSRFLAVFSRILGQYEQAKQSGFSALSLARAVIEKSALPTVFSEDTSVELISHMADNLNSL 5VLTHNLINHKEPVQQLEKVHPTWRSEFPIPLDDETGTHFLNGLLCAASVEAKPRLQKNKSTRCQFYWSEK 6HPDELRVIVSLPDEVSFPVTSEPSTTRFELAICEDGEEVSGLGPAYASLENRQATVRLRKSEVRFGRQNP 7SAGLSLVARAGGMIVGSIKLDDSEIAIGEVPLTFIVDADQWLLQGQASCSVRSSDVLIVLPRDNSNVAGF 8DGQSRAVNVLGLKALPVKGCQDVTVTANETYRIRTGREQISIGRFALNGKRASWVCHPDETFIGVPKVIS 9TLPDIQSIDVTRYTC 10 11 12>YP_009518833.1 uncharacterized protein YtiA [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655] 13MKEFLFLFHSTVGVIQTRKALQAAGMTFRVSDIPRDLRGGCGLCIWLTCPPGEEIQWVIPGLTESIYCQQ 14DGVWRCIAHYGVSPR 15 16>YP_009518832.1 iraD leader peptide [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655] 17MENEHQYSGARCSGQAAYVAKRQECAK 18 19
python
1A = "" 2max_len = [0] 3min_len = [10000000000000000000000] 4max_number = [0] 5min_number = [0] 6max_protein = [] 7min_protein = [] 8x = [] 9y = [] 10 11with open("short.sequ.txt") as f: 12 for line in f: 13 strip_line = line.rstrip() 14 len_count = len(strip_line) 15 16 if strip_line.startswith(">"): 17 print(strip_line+"\n") 18 x.append(strip_line) 19 A = "" 20 21 else: 22 A += strip_line 23 24 if len_count == 0: 25 print(len(A)) 26 A = "" 27 28 if [len(A)] > max_len: 29 max_number.append(len(A)) 30 x = [] 31 x.append(strip_line) 32 33 34 35 if [len(A)] < min_len: 36 min_number.append(len(A)) 37 y = [] 38 y.append(strip_line) 39 40 41 42print(max(max_number)) 43new_number = [i for i in min_number if i > 0] 44print(min(new_number)) 45print(x) 46print(y) 47 48
最大値・最小値の時に読み込んだ文字列をリストに入れておきたいのですが、どのように条件を指定したらいいでしょうか?
理想としては
python
1>YPa~ 2100 3 4>YPb~ 5200 6 7>YPc 8300 9 10最大:>YPc 11最大値:300 12 13最小:>YPa 14最小値:>100 15
宜しくお願い致します。
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2019/01/14 12:33
2019/01/14 12:37
2019/01/14 12:39