1、データを1行ずつ読み込む
2、”>”で始まる時は、その行を出力
3、”>”で始まらない場合は、その行の文字数をカウントする
4、カウントした文字数が最大値を上回る度に、その時の行と数値をリストに収納
5、カウントした文字数が最小値を下回る度に、その時の行と数値をリストに収納
6、最終的にリストに入っている最大値と最小値を出力する
date
1>YP_009518834.1 putative uncharacterized protein YjiT [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655] 2MGQSEYISWVKCTSWLSNFVNLRGLRQPDGRPLYEYHATNDEYTQLTQLLRAVGQSQSNICNRDFAACFV 3LFCSEWYRRDYERQCGWTWDPIYKKIGISFTATELGTIVPKGMEDYWLRPIRFYESERRNFLGTLFSEGG 4LPFRLLKESDSRFLAVFSRILGQYEQAKQSGFSALSLARAVIEKSALPTVFSEDTSVELISHMADNLNSL 5VLTHNLINHKEPVQQLEKVHPTWRSEFPIPLDDETGTHFLNGLLCAASVEAKPRLQKNKSTRCQFYWSEK 6HPDELRVIVSLPDEVSFPVTSEPSTTRFELAICEDGEEVSGLGPAYASLENRQATVRLRKSEVRFGRQNP 7SAGLSLVARAGGMIVGSIKLDDSEIAIGEVPLTFIVDADQWLLQGQASCSVRSSDVLIVLPRDNSNVAGF 8DGQSRAVNVLGLKALPVKGCQDVTVTANETYRIRTGREQISIGRFALNGKRASWVCHPDETFIGVPKVIS 9TLPDIQSIDVTRYTC 10 11 12>YP_009518833.1 uncharacterized protein YtiA [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655] 13MKEFLFLFHSTVGVIQTRKALQAAGMTFRVSDIPRDLRGGCGLCIWLTCPPGEEIQWVIPGLTESIYCQQ 14DGVWRCIAHYGVSPR 15 16>YP_009518832.1 iraD leader peptide [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655] 17MENEHQYSGARCSGQAAYVAKRQECAK 18 19>YP_009518831.1 protein YtiD [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655] 20MADYAEINNFPPELSSSGDKYFHLRNYSEYSEYTSGFFLSLMIFIKS 21 22>YP_009518830.1 protein YtiC [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655] 23MPVNGIFDVFDMLSIYIIYKLIVSNNTWLIMRK 24 25
python
1A = "" 2max_len = [0] 3min_len = [10000000000000000000000] 4max_number = [0] 5min_number = [0] 6 7with open("short.sequ.txt") as f: 8 for line in f: 9 strip_line = line.rstrip() 10 len_number = len(strip_line) 11 12 if strip_line.startswith(">"): 13 print(strip_line+"\n") 14 A = "" 15 16 else: 17 A += strip_line 18 19 if len_number == 0: 20 print(len(A)) 21 A = "" 22 23 if [len(A)] > max_len: 24 max_number.append(len(A)) 25 26 if [len(A)] < min_len: 27 min_number.append(len(A)) 28 29 30 31print(max(max_number)) 32new_number = [i for i in min_number if i > 0] 33print(min(new_number)) 34 35 36
最大値と最小値が見つかった時に、前行と対応させてリストに格納するにはどうしたらいいでしょうか?
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2019/01/14 05:27
2019/01/14 05:33
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