GitHubにフォルダごとアップロードしたいです。

ローカルの環境でRuby on Railsを用いてWebアプリケーションを作成しています。
それをGitHubにアップロードしたいのですが、アップロードされません。
GitHubにてリポジトリは作成しています。
アップロードしたいファイル名はtweet_appです。

発生している問題・エラーメッセージ

On branch master
nothing to commit, working tree clean

や

error: src refspec master does not match any

が表示されました。
2つ目のコードは、色々試していた最中に出てきたメッセージで、前後にもエラーメッセージがあったのですが、一旦ターミナルを閉じてしまったため、過程がわからないです。申し訳ありません。

該当のソースコード

MoenoMacBook-puro:~ moe$ cd tweet_app
MoenoMacBook-puro:tweet_app moe$ echo "# tweet_app_progate" >> README.md
MoenoMacBook-puro:tweet_app moe$ git init
Reinitialized existing Git repository in /Users/moe/tweet_app/.git/
MoenoMacBook-puro:tweet_app moe$ git add .
MoenoMacBook-puro:tweet_app moe$ git commit -m "first commit"
On branch master
nothing to commit, working tree clean
MoenoMacBook-puro:tweet_app moe$ ls
README.md	config		log		test
app		db		public		tmp
bin		lib		storage		vendor
MoenoMacBook-puro:tweet_app moe$

試したこと

GitHubのガイドラインにそってやってみましたが、
nothing to commit, working tree clean
と言われます。

https://stackoverflow.com/questions/21264738/error-src-refspec-master-does-not-match-any
こちらも試してみました。↓

MoenoMacBook-puro:tweet_app moe$ git add .
MoenoMacBook-puro:tweet_app moe$ git commit -m 'initial commit'
On branch master
nothing to commit, working tree clean
MoenoMacBook-puro:tweet_app moe$ git push origin HEAD:master
git@github.com: Permission denied (publickey).
fatal: Could not read from remote repository.

Please make sure you have the correct access rights
and the repository exists.