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Python 3.x

Python 3はPythonプログラミング言語の最新バージョンであり、2008年12月3日にリリースされました。

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[python]rdkitモジュールをspyderで使用したい。

YaKa

総合スコア25

Python 3.x

Python 3はPythonプログラミング言語の最新バージョンであり、2008年12月3日にリリースされました。

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投稿2019/01/09 08:34

前提・実現したいこと

[初心者です]
rdkitを使ってみたく、インストールに挑戦しました。
pythonの作業環境はwindows7機にanacondaをインストールして、spyderで書いています。簡単なコードが正常に動くことは確認できました。

公式のガイドをみて(良く理解できていませんが)インストールはできたと思うのですが、spyderで
import rdkit
とすると、ModuleNotFoundError となってしまいます。

発生している問題・エラーメッセージ

ModuleNotFoundError

該当のソースコード

(言語:python)
import rdkit

試したこと

コマンドプロンプトに
conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit
でインストール

続いて
$ cd C:\Users\ユーザー名\AppData\Local\Continuum\anaconda3\bin
$ activate my-rdkit-env
としました。
さらに、
$ python
$ from rdkit import rdBase, Chem
$ rdBase.rdkitVersion
'2017.03.1'
となり、インストールに成功したと判断しました。

その後
$ spyder
としspyder起動しました。
spyderのコンソールや、エディタに
import rdkit
と入力(&実行)しても
ModuleNotFoundError
がでてしまい、使用できませんでした。

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

windows7
Spyder (Python 3.7)

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ベストアンサー

my-rdkit-env環境にもconda install spyderにてspyderをインストールする必要があるようです。
参考:Pythonの仮想環境をspyderで。
あるいはディスク容量に余裕がある場合は単純にAnaconda自体をインストールしてもよいかと思います。

投稿2019/01/09 10:40

can110

総合スコア38262

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YaKa

2019/01/10 00:57

解決できました! ありがとうございました!
YaKa

2019/01/10 05:35

この方法だとspyderを起動したとき(python2.7)と表示されます。python3環境で使うことは出来ないのでしょうか? https://qiita.com/y__sama/items/22dcc8cb6fdf149dad32 ↑のurl内の手順も試しましたが、CONDA_PYというコードでエラーがでました。
can110

2019/01/10 05:46

conda create -n my-rdkit-env python=3.6 でpython3.6.xの環境ができます。あとはactivateして conda install -c rdkit rdkit なりで任意のパッケージをインストールできます。
YaKa

2019/01/10 11:06

早速の回答ありがとうございました! 試してみたのですが、python2で開いてしまいます。 試したことは 一度my-rdkit-envフォルダを削除し、 conda create -n my-rdkit-env python=3.6 conda install -c rdkit rdkit conda install spyder spyder です。 そもそも仮想環境で使用する必要を感じていません。 なんとかpython3でrdkitを扱えないものでしょうか。
YaKa

2019/01/10 11:07

[訂正] conda create -n my-rdkit-env python=3.7 としておりました
can110

2019/01/10 11:13

う~ん。なぜでしょう。当方環境では conda create -n my-rdkit-env python=3.6 conda install -c rdkit rdkit でrdkitが3.6環境でimportできるところまで確認できています。
YaKa

2019/01/11 07:46

can110様 おつきあいいただきありがとうございます。 新しい環境を設定し、再度チャレンジしたところ うまくいきました! ありがとうございました! 試したこと conda create -n my-rdkit-env2 python=3.6 conda install -c rdkit rdkit install spyder
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