(cygwin)python numpyがimportできない

Question

cygwinでnumpyがインポートできなくて困っています。
下にインストールしたときの手順をいいます。

gnupackを以下のサイトでダウンロードしました。
gnupack pretest 2018.06.10 をインストールしました。
https://ja.osdn.net/projects/gnupack/
そのあと、cygwinと実行し、apt-cyg install libgif7のコマンドを実行しました。

# Host: (パソコン名なので伏せておきます) | User: public_user | Time: 2018-12-25 14:09:31
 # Path: /desktop
 # # cd

 ✔ Success (retv = 0)

 # Host: （パソコン名なので伏せておきます） | User: public_user | Time: 2018-12-25 14:09:38
 # Path: ~
 # # apt-cyg install libgif7
Warning: /etc/setup/installed.db version is less than 3.
Before continuing, recommend to execute below command:
    apt-cyg dist-upgrade
Do you continue? [y/N] y
continue
Cache directory is /setup
Mirror is http://ftp.jaist.ac.jp/pub/cygwin
chmod: '/setup/.apt-cyg' のパーミッションを変更しています: Invalid argument
Error: cannot initialize directory /setup/.apt-cyg

 ✗ Failure (retv = 1)

 # Host: （パソコン名なので伏せておきます） | User: public_user | Time: 2018-12-25 14:10:37
 # Path: ~
 # # apt-cyg install libgif7
Warning: /etc/setup/installed.db version is less than 3.
Before continuing, recommend to execute below command:
    apt-cyg dist-upgrade
Do you continue? [y/N] y
continue
Cache directory is /setup
Mirror is http://ftp.jaist.ac.jp/pub/cygwin
/tmp/tmp.TDjSGA9YTO 100%[===================>]   1.29K  --.-KB/s 時間 0.05s
2018-12-25 14:10:56 URL:https://cygwin.com/key/pubring.asc [1324/1324] -> "/tmp/tmp.TDjSGA9YTO" [1]
TRUSTEDKEY_CYGWIN: OK
gpg: *警告*: homedir 「/setup/.apt-cyg」の安全でない許可
gpg: *警告*: セキュアでないメモリーを使用しています!
gpg: 詳細はhttp://www.gnupg.org/documentation/faq.htmlをご覧ください
gpg: 鍵リング「/setup/.apt-cyg/secring.gpg」ができました
gpg: WARNING: unable to restore permissions to `/setup/.apt-cyg/pubring.gpg': Invalid argumentgpg: 鍵676041BA: 公開鍵"Cygwin <[e-mail]>"をインポートしました
gpg:           処理数の合計: 1
gpg:             インポート: 1
/tmp/tmp.TDjSGA9YTO 100%[===================>]   1.66K  --.-KB/s 時間 0s
2018-12-25 14:10:58 URL:http://cygwinports.org/ports.gpg [1702/1702] -> "/tmp/tmp.TDjSGA9YTO" [1]
TRUSTEDKEY_CYGWINPORTS: OK
gpg: *警告*: homedir 「/setup/.apt-cyg」の安全でない許可
gpg: *警告*: セキュアでないメモリーを使用しています!
gpg: 詳細はhttp://www.gnupg.org/documentation/faq.htmlをご覧ください
gpg: WARNING: unable to restore permissions to `/setup/.apt-cyg/pubring.gpg': Invalid argumentgpg: 鍵66EE1F94: 公開鍵"Yaakov Selkowitz (Cygwin Ports) <[e-mail]>"をインポートしました
gpg:           処理数の合計: 1
gpg:             インポート: 1
Updating setup.ini
setup.bz2           100%[===================>]   3.60M  9.64MB/s 時間 0.4s
2018-12-25 14:11:00 URL:http://ftp.jaist.ac.jp/pub/cygwin/x86/setup.bz2 [3770605/3770605] -> "setup.bz2" [1]
setup.bz2.sig       100%[===================>]      72  --.-KB/s 時間 0s
2018-12-25 14:11:00 URL:http://ftp.jaist.ac.jp/pub/cygwin/x86/setup.bz2.sig [72/72] -> "setup.bz2.sig" [1]
signature verified: setup.bz2.sig

bunzip2: I/O or other error, bailing out.  Possible reason follows.
bunzip2: Invalid argument
        Input file = setup.bz2, output file = setup
bunzip2: Deleting output file setup, if it exists.
setup.ini           100%[===================>]  14.71M  5.47MB/s 時間 2.7s
2018-12-25 14:11:04 URL:http://ftp.jaist.ac.jp/pub/cygwin/x86/setup.ini [15421978/15421978] -> "setup.ini" [1]
setup.ini.sig       100%[===================>]      72  --.-KB/s 時間 0s
2018-12-25 14:11:04 URL:http://ftp.jaist.ac.jp/pub/cygwin/x86/setup.ini.sig [72/72] -> "setup.ini.sig" [1]
signature verified: setup.ini.sig
Updated setup.ini

Installing libgif7
Found package libgif7
libgif7-5.1.4-1.tar 100%[===================>]  14.64K  --.-KB/s 時間 0.002s
2018-12-25 14:11:05 URL:http://ftp.jaist.ac.jp/pub/cygwin/x86/release/giflib/libgif7/libgif7-5.1.4-1.tar.xz [14992/14992] -> "libgif7-5.1.4-1.tar.xz" [1]
hash_check: sha512sum: libgif7-5.1.4-1.tar.xz: OK
Unpacking...
gzip: /etc/setup/libgif7.lst.gz: Invalid argument
Package libgif7 requires the following packages, installing:
cygwin
Package cygwin is already installed, skipping
Running postinstall scripts
Warning: Schema “org.gnome.system.locale” has path “/system/locale/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.proxy” has path “/system/proxy/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.proxy.http” has path “/system/proxy/http/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.proxy.https” has path “/system/proxy/https/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.proxy.ftp” has path “/system/proxy/ftp/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.proxy.socks” has path “/system/proxy/socks/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.locale” has path “/system/locale/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.proxy” has path “/system/proxy/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.proxy.http” has path “/system/proxy/http/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.proxy.https” has path “/system/proxy/https/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.proxy.ftp” has path “/system/proxy/ftp/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.proxy.socks” has path “/system/proxy/socks/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.locale” has path “/system/locale/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.proxy” has path “/system/proxy/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.proxy.http” has path “/system/proxy/http/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.proxy.https” has path “/system/proxy/https/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.proxy.ftp” has path “/system/proxy/ftp/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.proxy.socks” has path “/system/proxy/socks/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.
Warning: Schema “org.gnome.system.locale” has path “/system/locale/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.

(Warning: Schema “org.gnome.system.locale” has path “/system/locale/”.  Paths starting with “/apps/”, “/desktop/” or “/system/” are deprecated.と類似したエラーメッセージが何回も現れました。)
Package libgif7 installed

 ✔ Success (retv = 0)

 # Host: （パソコン名なので伏せておきます） | User: public_user | Time: 2018-12-25 14:11:32
 # Path: ~
 # # cd -
/desktop

 ✔ Success (retv = 0)

 # Host: （パソコン名なので伏せておきます） | User: public_user | Time: 2018-12-25 14:11:47
 # Path: /desktop
 # # cd

その次に
cdと打ち込み、apt-cyg install python2-numpy
Do　you continue?をy
何回やっても以下のエラーが出てきました。

Warning: /etc/setup/installed.db version is less than 3.
Before continuing, recommend to execute below command:
    apt-cyg dist-upgrade
Do you continue? [y/N] N

ここでyと入力しました。
すると次のようになりました。

abort
Warning: some required packages did not install, continuing
Package liblapack0 installed
Package python2 is already installed, skipping
Package python2-setuptools is already installed, skipping
Package python2-numpy installed

 ✔ Success (retv = 0)

その後cygwinでpythonを実行しました。

# Host: （ここはパソコン名なので伏せておきます） | User: public_user | Time: 2018-12-25 14:19:22
 # Path: /c
 # # cd

 ✔ Success (retv = 0)

 # Host:(ここはパソコン名なので伏せておきます) | User: public_user | Time: 2018-12-25 14:19:26
 # Path: ~
 # # python
Python 2.7.14 (default, Oct 31 2017, 21:15:21)
[GCC 6.4.0] on cygwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/__init__.py", line 142, in <module>
    from . import add_newdocs
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/add_newdocs.py", line 13, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/__init__.py", line 8, in <module>
    from .type_check import *
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/type_check.py", line 11, in <module>
    import numpy.core.numeric as _nx
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/__init__.py", line 14, in <module>
    from . import multiarray
ImportError: No such file or directory

また、gnupack-pretest_devel-2018.06.10\home以下の
.bashrcのファイルの最後の行に
PATH=/usr/lib/lapack:$PATHと書き込みました。
あるテキストに沿ってインストールしたのですが、
numpyがインポートできなくて困っています。
解決方法を教えてくださいませんか。
#追記
追記の続きは回答者の欄にかいてあります。

Comments

[coco_bauer]

質問に書かれているURLのページを見ると、「開発者によるgnupackの動作テストは、Windows 7のみです。Windows 8.1/8/Vista/XPに関して、動作する可能性はありますが、動作テストの対象外です。」との記述がありますが、Windows7のマシンで操作しているのでしょうか？

[mercurian-teto]

windows１０で一様動かしていますが、
周りの人はちゃんとimport numpyもできるそうです。
(機種もOSも同じです。)
また、import以外の基本的なコードは使えます。

Answer 1

質問者です。追記がかけないので特別にここに追記を表記しています。
#追記１
また、先ほどのエラーで

Warning: /etc/setup/installed.db version is less than 3.
Before continuing, recommend to execute below command:
    apt-cyg dist-upgrade
Do you continue? [y/N] N

とありましたが、ここでNを選択していざapt-cyg dist -upgradeを実行してみると、
続行するには何かキーを押してくださいと表示され次に下の画像のような
画面が表示されます。

何を選択するのかがわかりません。
そもそもapt-cyg dist -upgradeはpythonに含まれるパッケージをすべてアップグレードするという認識しかないため、上記のウェブサイトを選択する箇所に対して全くわかりません。

#追記２
もう一度numpyをインストールする手順を実行してみたところ
次のようになりました。

 # Host: LAPTOP-O6FVFD2G | User: public_user | Time: 2018-12-25 14:42:03
 # Path: /desktop
 # # cd

 ✔ Success (retv = 0)

 # Host: LAPTOP-O6FVFD2G | User: public_user | Time: 2018-12-25 14:42:51
 # Path: ~
 # # apt-cyg install python2-numpy
Warning: /etc/setup/installed.db version is less than 3.
Before continuing, recommend to execute below command:
    apt-cyg dist-upgrade
Do you continue? [y/N] y
continue
Cache directory is /setup
Mirror is http://ftp.jaist.ac.jp/pub/cygwin
cp: `setup.ini~' のパーミッションを保存しています: Invalid argument
cp: `setup.ini.sig~' のパーミッションを保存しています: Invalid argument
cp: `setup.bz2.sig~' のパーミッションを保存しています: Invalid argument
Updating setup.ini
setup.bz2           100%[===================>]   3.60M  9.31MB/s 時間 0.4s
2018-12-25 14:43:09 URL:http://ftp.jaist.ac.jp/pub/cygwin/x86/setup.bz2 [3770605/3770605] -> "setup.bz2" [1]
signature verified: setup.bz2.sig

bunzip2: I/O or other error, bailing out.  Possible reason follows.
bunzip2: Invalid argument
        Input file = setup.bz2, output file = setup
bunzip2: Deleting output file setup, if it exists.
signature verified: setup.ini.sig
Updated setup.ini
Package python2-numpy is already installed, skipping

 ✔ Success (retv = 0)

 # Host: LAPTOP-O6FVFD2G | User: public_user | Time: 2018-12-25 14:43:11
 # Path: ~
 # # python
Python 2.7.14 (default, Oct 31 2017, 21:15:21)
[GCC 6.4.0] on cygwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/__init__.py", line 142, in <module>
    from . import add_newdocs
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/add_newdocs.py", line 13, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/__init__.py", line 8, in <module>
    from .type_check import *
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/type_check.py", line 11, in <module>
    import numpy.core.numeric as _nx
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/__init__.py", line 14, in <module>
    from . import multiarray
ImportError: No such file or directory
>>>

#追記３
環境は
windows 10 proです
#追記4
以前はvisualstudioでpythoをインストールしていましたが、
いまは削除しています。

#追記５
インポートディレクトリを調べてみました。
下のURLを参考にしました。
https://teratail.com/questions/80680
実行結果は以下の通りです。

>>> from pprint import pprint
>>> import sys
>>> print(sys.version_info)
sys.version_info(major=2, minor=7, micro=14, releaselevel='final', serial=0)
>>> pprint(sys.path)
['',
 '/usr/local/lib/python2.7/site-packages',
 '/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pip-10.0.1-py2.7.egg',
 '/usr/lib/python27.zip',
 '/usr/lib/python2.7',
 '/usr/lib/python2.7/plat-cygwin',
 '/usr/lib/python2.7/lib-tk',
 '/usr/lib/python2.7/lib-old',
 '/usr/lib/python2.7/lib-dynload',
 '/usr/lib/python2.7/site-packages']

#追記６
先述したとおり、apt-up cyg upgradeを実行してくださいという警告がありました。

Warning: /etc/setup/installed.db version is less than 3.
Before continuing, recommend to execute below command:
    apt-cyg dist-upgrade
Do you continue? [y/N] N

apt-cyg dist-upgradeを実行した後、再度先述したとおり、numpyをインストールするコマンドを実行して
numpyが使えるかどうか確認を取りましたが、依然エラーが発生してしまいます。

 Host: LAPTOP-O6FVFD2G | User: public_user | Time: 2018-12-25 23:12:26
 # Path: /desktop
 # # apt-cyg install python2-numpy
Cache directory is /setup
Mirror is http://ftp.jaist.ac.jp/pub/cygwin
cp: `setup.ini~' のパーミッションを保存しています: Invalid argument
cp: `setup.ini.sig~' のパーミッションを保存しています: Invalid argument
cp: `setup.bz2.sig~' のパーミッションを保存しています: Invalid argument
Updating setup.ini
setup.bz2           100%[===================>]   3.60M  10.5MB/s 時間 0.3s
2018-12-25 23:13:09 URL:http://ftp.jaist.ac.jp/pub/cygwin/x86/setup.bz2 [3770862/3770862] -> "setup.bz2" [1]
setup.bz2.sig       100%[===================>]      72  --.-KB/s 時間 0s
2018-12-25 23:13:10 URL:http://ftp.jaist.ac.jp/pub/cygwin/x86/setup.bz2.sig [72/72] -> "setup.bz2.sig" [1]
signature verified: setup.bz2.sig

bunzip2: I/O or other error, bailing out.  Possible reason follows.
bunzip2: Invalid argument
        Input file = setup.bz2, output file = setup
bunzip2: Deleting output file setup, if it exists.
setup.ini           100%[===================>]  14.71M  11.1MB/s 時間 1.3s
2018-12-25 23:13:17 URL:http://ftp.jaist.ac.jp/pub/cygwin/x86/setup.ini [15421987/15421987] -> "setup.ini" [1]
setup.ini.sig       100%[===================>]      72  --.-KB/s 時間 0s
2018-12-25 23:13:18 URL:http://ftp.jaist.ac.jp/pub/cygwin/x86/setup.ini.sig [72/72] -> "setup.ini.sig" [1]
signature verified: setup.ini.sig
Updated setup.ini
Package python2-numpy is already installed, skipping

 ✔ Success (retv = 0)

 # Host: LAPTOP-O6FVFD2G | User: public_user | Time: 2018-12-25 23:13:21
 # Path: /desktop
 # # python
Python 2.7.14 (default, Oct 31 2017, 21:15:21)
[GCC 6.4.0] on cygwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/__init__.py", line 142, in <module>
    from . import add_newdocs
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/add_newdocs.py", line 13, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/__init__.py", line 8, in <module>
    from .type_check import *
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/type_check.py", line 11, in <module>
    import numpy.core.numeric as _nx
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/__init__.py", line 14, in <module>
    from . import multiarray
ImportError: No such file or directory
>>> installed.db version is less than 3.